月度归档： 2024年1月
单细胞测序分析（六）Seurat寻找marker基因以及细胞鉴定
上一期小果使用了三种降维算法对单细胞数据进行了降维和聚类，将2700个细胞分成了9个细胞亚群。并比较了三种算法 […]
纯代码实操，小果带你计算基因与免疫细胞在TMB中的相关性
我们大家知道基因与多种免疫细胞类型之间有着相关性，那么了解指定基因与免疫细胞类型之间的相互作用，以及是否存在相 […]
单细胞测序分析（五）R包Seurat三种算法对数据聚类降维
大家好，小果今天继续介绍R包Seurat单细胞测序分析。 上一期我们用Seurat对数据进行了进一步的过滤，过 […]
学会CMplot，绘制出比qqman更优秀的GWAS可视化结果
在最近的这段时间里相信做科研的各位小伙伴都被GWAS和孟德尔随机化刷过屏，小果也有在做教学的推文哦~有兴趣的小 […]
testing-based procedures减少变量简化模型预测结果的好帮手
在统计假设检验中，testing-based procedures是一类常用的方法，用于在生物信息数据学中进行 […]
保姆级教程！！小果教你学习曼哈顿图！Manhattan图！！
有的小伙伴可能听说过曼哈顿图，但是并不了解，也不知道是来做什么的，其实，曼哈顿因为其形似曼哈顿摩天大楼，所以被 […]
敲黑板！！小果教你学习R包-ggalluvial，绘制炫酷的桑基图（Sankey）！！
小伙伴平时面对多个数据关系不知道如何绘制图，一般来说使用常见的表格已经满足不了小伙伴，并且也不好看。而今天小果 […]
只需三分钟！小果教你在绘制的热图添加注释信息！！
有不少小伙伴在绘制热图时候，绘制的图信息很少，只有名称和相关性值，有时看起来枯燥乏味。小果在这里教大家一个新的 […]
单细胞测序分析（四）R包Seurat下游分析
上一期小果用loupe brosew进一步探索单细胞测序处理结果，但是它的功能有限，还无法实现复杂的功能。如果 […]
SCP探索单细胞宇宙的魔法工具，加速生物信息学研究
在之前，小果为大家介绍了popsicleR这个令人惊叹的R包，它提供了从单细胞分析质控到细胞注释的整套流程。这 […]