http://www.biocloudservice.com/366/366.php
1、软件内容及流程：
共包含1个R语言脚本，脚本介绍如下：
singcell.R
程序名称：
singcell.R
功能描述：
该软件是云生信团队专为单细胞测序分析设计打造，可实现一站式单细胞测序数据的下游分析，包括：
- 数据质控过滤，
- 数据标准化，
- PCA主成分分析，
- tSNE降维聚类分析，
- 查找细胞群maker基因，
- 自动化注释细胞类型，
- 细胞轨迹分析
等等单细胞数据分析的科学方法。并且会自动生成分析的结果图。对用户操作十分友好，无需任何编码，即可快速拿到高质量的分析结果。
使用方法：
Rscript singcell.R -filename -filepath
参数说明：
USAGE:
singcell.R -filename=<file> -filepath=<path>
PARAMETERS:
-filename The name of the single-cell data folder that needs to be analyzed. Subfolders under the folder may include multiple samples. Under the subfolders should include barcodes,feature, feature_barcode_matrix three single-cell sequencing upstream processed files.
-filepath The path to the single-cell data folder that needs to be analyzed.
- 打开命令行界面，输入“Rscript singcell.R filename filepath”这里，必须输入参数是-filename,-filepath;filename表示需要进行分析的单细胞数据文件夹名称。文件夹下可以包括多个样本的子文件夹。子文件夹下应包括barcodes,feature，feature_barcode_matrix三个单细胞测序上游处理后的文件;filepath表示需要进行分析的单细胞数据文件夹的路径。
3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。程序执行完毕后，界面会显示“Program execution is completed”结束语。
操作界面截图：
- 程序运行命令
- 输入文件界面展示截图示例
示例输入的文件GSE174574_RAW/ 下有三个样本
样本文件夹下，应包括barcodes, feature, feature_barcode_matrix三个单细胞测序上游处理后的文件。
- 程序运行界面截图
- 程序运行结果文件展示
输出文件：
结果文件分为五个部分，分别是：
- 基因特征
- PCA分析
- Maker基因识别
- tSNE聚类
- 细胞轨迹图
输出的图片将以pdf格式保存。分析数据以txt格式保存。
- 测序深度相关性图
- 特征方差图
- 单细胞分布小提琴图
- PCA分析热图
- FeaturePlot
- tSNE投影图
- 识别细胞类型
- 03.clusterMarkers.txt
- 04.cellAnn.txt
等文件
云平台下操作截图：
(1)运行示例数据
可得到示例数据的结果
点击下载全部文件，即可下载全部的分析结果文件。
- 上传数据
点击上传数据
即可进入文件上传的页面。选择我们要分析的数据
上传好后，点击运行自有数据，即可开始分析。
程序运行完成后，将会输出以下结果。
