DrLink的安装竟如此简单？

2024-01-08

相信很多医学相关的工作者经常苦恼于DrLink的安装，因为网上的资源实在是太少太少了，除了一个github主页就是一篇文献，经常有小白安装报错无从下手，别担心，今天一篇文章教你学会。

DrLink

它是一个与基因组重组有关的软件，它使用Linked-read测序检测重组断点。官方gitHub中显示，它是一个关于Detecting recombination breakpoints using Linked read sequencing的软件。在这个短语中，“Detecting”意味着检测或发现，“recombination breakpoints”指的是基因组DNA序列中重组发生的位置，“Linked-read sequencing”是一种测序技术，它可以充分利用条形码标记来解析基因组区域，并更准确地确定重组断点。也就是说该软件就是使用Linked-read测序方法来检测基因组DNA序列中的重组断点。

参考文献：

DrLink是一个生物信息学软件，是一篇由Sun和Rowan等人在2019年发表在Nature Communications上的一篇论文所支持的工具。详细的源码和算法可阅读该文献

Linked-read sequencing of gametes allows efficient genome-wide analysis of meiotic recombination

安装步骤

安装要求

Please refer to INSTALL for compiling. The current compilations have been successfully tested on Linux (arch: x_86_64, with g++ version Debian 6.3.0-18+deb9u1 and R version 3.5.1).

安装的详细步骤

# 先从github上面下载DrLink
git clone https://github.com/schneebergerlab/DrLink.git
# 安装的命令行
# 进入到你克隆的DrLink软件的路径中
cd /your_path_to/DrLink_src
# compile gzstream lib (DrLink works with .gz compressed files with the help of gzstream)

cd gzstream
rm libgzstream.a ../gzlib/libgzstream.a

make clean
make

cp libgzstream.a ../gzlib
cd ..

# compile DrLink

make
# 配置环境变量，进而可实现全局使用
export PATH=/media/desk16/shb152/DrLink_src/:$PATH

# test

DrLink
# DrLink的usage
# which should print the following info

# Given linked-read sequencing of recombinants, this tool identifies meiotic recombinations.
# (version 1.0 – compiled on MM DD YYYY, HH:MM:SS)
#
# Usage: DrLink subprogram [options]
#
# Subprograms:
# preprocess (Usage: please check options with DrLink preprocess)
# molecule (Usage: please check options with DrLink molecule)
# recombis (Usage: please check options with DrLink recombis)
# intersec (Usage: please check options with DrLink intersec)

安装时常见的报错：

Git Clone错误：

GnuTLS recv error (-110): The TLS connection was non-properly terminated.

解决方法：

ubuntu系统复制代码即可，centos系统把换成yum install即可

apt-get install gnutls-bin
git config –global http.sslVerify false
git config –global http.postBuffer 1048576000

编译报错

在编译时报错主要原因就是所需要的依赖没有安装完毕，因此需要检查自己的设备是否安装好了该软件安装和运行所需要的依赖

The current compilations have been successfully tested on Linux (arch: x_86_64, with g++ version Debian 6.3.0-18+deb9u1 and R version 3.5.1).

g++ or gcc报错

解决方案：安装新版gcc/g++

##创建虚拟环境
conda create -n g_test -y
#推荐conda下载，要是出问题了，推出虚拟环境然后删除这个env即可
conda activate g_test
conda install -c conda-forge gcc libgcc
conda install -c conda-forge gxx_linux-64
# 请更换为自己的路径
cd /…/anaconda3/envs/…/bin
# 使用软链接也是，请更换为自己的路径，这一步的目的是为的当使用命令g++的时候可以用我们刚刚安装好的g++
ln -s /…/anaconda3/envs/…/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-g++ g++

配置环境变量相关：

通常在其他路径运行显示没有这个命令就是没有配置好环境变量

在当前用户的profile中

在当前用户的profile中设置PATH
vi ~/.bash_profile
# 修改PATH行,把/usr/local/apache/bin添加进去,如：
PATH=$PATH:$HOME/bin:/media/desk16/shb152/DrLink_src/
# 重新加载，进而让这次的修改生效
source ~/.bash_profile

注：这种方法只对当前用户起作用的,其他用户该修改无效。

当前会话配置PATH

# PATH=$PATH:/media/desk16/shb152/DrLink_src/

使用这种方法,只对当前会话有效，也就是说每当登出或注销系统以后，PATH设置就会失效。

sudo权限可选择在profile中设置PATH，

# 在profile中设置PATH
vi /etc/profile
# 找到export行，在下面新增加一行，内容为：
export PATH=$PATH:/usr/local/apache/bin
# 刷新
source profile

编辑/etc/profile后PATH的修改不会立马生效，所以需要立即生效的话，可以执行 source profile命令。

请注意：其次对于profile来说一定要注意整个编辑的过程，确保输入格式正确，否则一旦你输入一些格式不正确的文本（如把windows编码的文本复制过来），就会造成profile文件无法正常解析等错误。

好啦，通过小果的介绍，有没有看懂了呢？

欢迎使用：云生信 – 学生物信息学 (biocloudservice.com)

如果想用服务器可以联系微信：18502195490（快来联系我们使用吧！）