各位小伙伴们好呀！小果今天为大家带来了一个整合癌症单细胞数据集的在线分析工具——TISCH（肿瘤免疫单细胞中心）。
在目前已有的大多数据库中，CancerSEA、scRNASeqDB、SCPortalen、PanglaoDB和JingleBells等均已经有系统地收集和整理单细胞数据集的工作，而其中仅有CancerSEA与癌症相关，且它仅关注癌细胞，而不考虑TME中的免疫细胞或基质细胞。小果所提到的TISCH则旨在以单细胞分辨率破译TME的复杂组成部分，其构建了一个包含27种癌症类型的76个高质量肿瘤数据集的scRNA-seq图谱，这些数据集均按照标准化的工作流程进行统一处理，包括质量控制、批量效应去除、聚类、差异表达分析、分级分级细胞类型注释、恶性细胞分类和功能富集分析。
TISCH工作流程和功能概述。TISCH自动解析和整理来自GEO或Array Express数据库的肿瘤单细胞RNA-seq数据集。然后用标准化的工作流程对所有数据集进行统一处理，包括质量控制、批次效应去除、细胞聚类、差异表达分析和多层次的细胞类型注释。TISCH中的每个数据集都显示了相关的研究信息，包括物种、治疗、患者和细胞数量、技术平台、阶段和相关研究。在数据集模块中，TISCH提供了两个功能:单数据集探索和多数据集比较。在Gene模块中，TISCH允许跨多个数据集和细胞类型的单个基因表达可视化。TISCH还支持下载表达矩阵、DE基因表和每个数据集的元信息。
小果也使用了该工具搜索了一些基因并进行了一些分析，以下是CCR8基因在所有癌症类型和物种中的搜索结果
热图显示了所有数据集中不同细胞类型中CCR8的表达，颜色深浅表示该基因的表达水平。
网格小提琴图反映了所有具有Treg细胞的数据集中不同细胞类型的基因表达分布。
以上就是小果分享的肿瘤免疫学单细胞分析的强力工具TISCH，赶快学习使用起来吧！