最近小果在分析蛋白质分子结构的时候，有同学在询问，为什么我的蛋白质分子结构能以三维形态，或以更多不同的形态展现出来，为此惊讶不已。其实，这也不过是在分子模拟中最常用的分子可视化工具-Pymol。接下来就让小果带大家来认识一下吧！
一、Pymol是什么？
PyMOL是一个专业的分子可视化软件，用于三维可视化和建模生物分子。它具有优秀的图形界面和高度定制化的命令解释器，能够展示高质量的三维图像和动画，并用于构象分析、结合位点分析、分子对接和药物筛选等生物分子研究和设计中。除了图形界面外，PyMOL还支持基于Python编写的各种脚本和扩展，提供了强大的自动化和可扩展性。
二、可视化软件Pymol的安装
首先要进行python的安装，需要在电脑上先安装Python环境，并且将Python添加到系统的环境变量中。你可以从Python官网（https://www.python.org/downloads/） 免费下载Python的安装包，按照提示进行安装；安装完成后可以通过在命令行中运行python -V命令验证Python是否已成功安装。然后进行环境变量的部署。其次要安装PMW模块，需要使用Python的包管理工具pip，通常情况下pip已经自动安装在电脑上了。我们可以通过在命令行中运行pip install pmw命令来安装PMW模块。如果命令执行成功并且提示”Successfully installed”，则说明PMW模块已经成功安装。
最后，在网址（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/）中下载与对应python版本的3个whl包，这三个文件得与本机的python版本匹配。然后使用命令行安装以上的三个whl文件，出现successfully installed字样说明安装成功（具体如图所示）。
最后执行python目录下的pymol.exe文件。如下图所示
三、蛋白质的下载
在蛋白质的下载中，小果选用的是绿色荧光蛋白GFP。它是在生物学上具有广泛应用的一个明星分子，曾有多套结构被解析。在此下载其最新结构7PNN.pdb，该结构是来自于水母Aequorea victoria的mVenus变体。首先我们打开PDB网站（https://www.rcsb.org/），在网站上方的搜索栏中输入”7PNN”，并点击搜索按钮。在搜索结果中找到”7PNN”，并点击该条目以进入其详细信息页面。点击”Download files”按钮，然后选择找到“PDB format”选项。
接着打开PyMol软件，点击 File – Open…，导入下载的文件夹下的7PNN.pdb文件，点击 Display – Sequence，如图所示，显示的是蛋白质序列及配体信息。
四、去水分子
为了便于分析和观察蛋白质的结构和功能，我们一般会使用Pymol去掉环绕蛋白质周围的水分子。水分子是蛋白质晶体结构解析时必然存在的分子，但它们并不是蛋白质本身的一部分，因此，在某些情况下，它们可能会干扰我们对蛋白质的分析和理解。所以在进行蛋白质分析和可视化时，常常需要将水分子去除，以便更清晰地观察蛋白质的结构。此外，去除水分子还可以减小计算难度和处理时间，提高计算效率。
所以，可以点击菜单栏中的“A”->”Remove Water”。
好啦，以上就是对Pymol有了一个简单的介绍，与此同时，小果也带着大家了解了用PDB网站下载蛋白质的结构信息。那么接下来，也会带大家来了解Pymol是如何使用的呢？还有如何可以展现蛋白质的多种结构。如果大家对生信相关知识感兴趣，也可以点击http://www.biocloudservice.com/home.html进行学习哦！