Linux命令非常多，但在小果看来，掌握基本常用的命令就可以了，以下是在生信过程中比较常用的一些简单命令，赶快跟小果一块顺一遍吧！
1 清屏：clear
2 查看IP：ip addr
3 查看时间：date
4 复制：cp
cp 文件 新目录 or cp -r 目录 新目录
5 查看当前目录：pwd
6 显示当前目录内容：ls
ls -l （详细显示目录下内容）；ls -lt （按照时间顺序展示目录下内容）；ls -ln (按照文件名顺序展示目录下内容）
7 正则表达式：
*（匹配任意数量的字符）； ？（匹配一个字符）
8 复制粘贴：Ctrl+Insert；Shift+Insert
9 创建目录：mkdir
10 删除：rm
rm 文件；rm -rf 目录
11 移动文件/目录+改名：mv
12 文件压缩，一般gz文件：
压缩：gzip 文件；解压缩：gunzip 压缩文件
13 统计文件的行数、单词数、字节数：wc
14 文本编辑器：vi
小写o：在光标下面插入一行
大写O：在光标上面插入一行
Ctrl+u：向上翻页
Ctrl+d：向下翻页
数字0：跳到行首
$:跳到行尾
D：删除光标所在位置及后边的所有内容（本行）
dd：删除光标所在位置的一行内容
15 显示文本内容：cat
cat file.txt：输出file中的内容
cat -n file.txt：输出file的内容，并标注内容所在的行数
cat file1.txt file2.txt > files.txt：将file1与file2的内容合并（file1内容在前面），并存储到files.txt文件中。
16 文本搜索工具：grep
grep [options] [pattern] file
命令 参数 匹配模式 文件数据
参数：
-i : 忽略大小写；
-o : 仅显示匹配到目标字符串；
-v : 显示不能被匹配到的字符串（反转）；
-E : 支持使用扩展的正则表达式字符串；
-l 列出包含匹配项的文件名
-L 列出不包含匹配项的文件名
-n 显示匹配行与行号
常与正则表达式联用，正则表达式：
^ 用于模式最左侧，如 “^yu” 即匹配以yu开头的单词
$ 用于模式最右侧，如 “yu$” 即匹配以yu结尾的单词
^$ 组合符，表示空行
. 匹配任意一个且只有一个字符，不能匹配空行
| 转义字符
* 重匹配前一个字符连续出现0次或1次以上
.* 匹配任意字符
^.* 组合符，匹配任意多个字符开头的内容
.*$ 组合符，匹配任意多个字符结尾的内容
[abc] 匹配 [] 内集合中的任意一个字符，a或b或c，也可以写成 [ac]
[^abc] 匹配除了 ^后面的任意一个字符，a或b或c，[]内 ^ 表示取反操作
例子：grep -i “^h” names.txt
输出name.s.txt中以h/H开头的行
例子：grep -n “bin/bash$” pwd.txt
输出pwd.txt中以 bin/bash为结尾的行
例子：grep “^#” names.txt -v | grep “^$” -v
找到names.txt中 以#开头数据之外的内容，并且过滤空行
17 cut函数
-b 仅显示行中指定直接范围的内容
-c 仅显示行中指定范围的字符
-d 指定分割符， 默认为“TAB”制表符
-f 显示指定字段的内容
-n 与“-b”连用，不分割多字节字符
–complement 补足被选择的字节，字符或字段
–out–delimiter=<字段分割符> 指定输出内容是的字段分割符
18 sed函数
替换：sed ‘s/旧内容/新内容/标记’ 文件
表示把 “文件” 中的 “旧内容” 按照 “标记（条件）” 换成 “新内容”
标记简介：
n 1~512 之间的数字，表示指定要替换的字符串出现第几次时才进行替换，例如，一行中有 3 个 A，但用户只想替换第二个 A，这是就用到这个标记；
g 对数据中所有匹配到的内容进行替换，如果没有 g，则只会在第一次匹配成功时做替换操作。例如，一行数据中有 3 个 A，则只会替换第一个 A；
p 会打印与替换命令中指定的模式匹配的行。此标记通常与 -n 选项一起使用。
w file 将缓冲区中的内容写到指定的 file 文件中；
& 用正则表达式匹配的内容进行替换；
\n 匹配第 n 个子串，该子串之前在 pattern 中用 \(\) 指定。
\ 转义（转义替换部分包含：&、\ 等）。
19 awk函数常用命令
和 sed 命令类似，awk 命令也是逐行扫描文件（从第 1 行到最后一行），寻找含有目标文本的行，如果匹配成功，则会在该行上执行用户想要的操作；反之，则不对行做任何处理。
awk [option] ‘pattern { [action] }’ file …
awk 参数 条件动作 文件
一、条件动作：'[action]’
$n 指定分隔符后，当前的第n个列所在的字段
$0 完整的一行记录
FS 字段分隔符，默认是空格
NF(Number of fields) 字段分隔后，当前一共多少个字段
NR(Number of records) 当前记录数，行数
2、awk内置变量（ [pattern] ）
BEGIN 模式是处理文本之前需要执行的动作；
END模式是处理完成所有的行之后执行的操作；
二、参数： [option]
awk的参数（option，是可选的）
参数 说明
-F 指定分隔字段符
-v 定义或修改一个awk内部变量
-f 从脚本文件中读取awk命令
其实linux命令有好多好多，但掌握常用的就足够啦，后边有需要其他的可以慢慢学，先把这些基本的跟小果一块学起来吧！欢迎大家和小果互动交流哟！