小果带你三秒预测与lncRNA互作的调控因子

各位小伙伴们,大家晚上好鸭~~小果的小粉丝看了《差异基因分析完之后不知道下步该怎样做?小果教你这么办!》之后,深受启发,于是立马做了一下发现找到了很多感兴趣的调控因子,感觉科研又燃气希望了(哈哈哈)。但是面对那么多可能与目的lncRNA互作的调控因子,粉丝又继续追问了小果一个问题,我预测出来的调控因子都能和我的lncRNA结合吗,我该怎样进一步筛选与我的lncRNA互作的调控因子呢?聪明绝顶的小果翻了大量文献之后,终于找到了一个可以预测lncRNA与蛋白能否结合的神器网站——RPISeq。

这个网站使用非常简单,只需要找到lncRNA序列以及和他可能存在互作的蛋白序列,剩下的就都交给数据库就可以帮我们搞定了,听起来是不是特别简单,赶快跟小果一块学习一下吧!!!

1 进入数据库(http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/#

2 我们运行数据库的示例文件

分别输入lncRNA的序列以及蛋白的序列,进行两者互作的预测

3 预测结果查看

如果都大约0.5就说明两者存在互作,当然大家也可以输入已知与该lncRNA互作的蛋白作为对照,这样结果就更可信了。

4 上面的示范是单个lncRNA和单个蛋白之间的互作,除此之外,还可以单个lncRAN和多个蛋白,或者单个蛋白和多个lncRNA之间进行预测哦,预测速度也非常快。

这个数据库是不是特别的简单,是不是学一遍就会了,赶快用起来吧!!!大家有想和小果讨论的问题,欢迎大家私聊小果哟!