近期有粉丝私信小果,自己终于费劲千辛万苦找到了一个“看对眼”的lncRNA,功能实验做了,干涉超表达之后发现该lncRNA有功能,下一步就要研究机制了,却不知道该怎么入手。我们知道,其实大多数的lncRNA的功能要远远小于编码基因,很多lncRNA都是通过调控编码基因的表达来发挥他的作用的,说起lncRNA的调控来,lncRNA在不同的位置发挥的调控作用也是不同的。比如在细胞核里,lncRNA可以参与转录调控,影响mRNA的转录进而发挥作用,在细胞质里,lncRNA可以参与转录后调控,比如调控mRNA的稳定性、mRNA 的翻译和蛋白的稳定性等等。
因此,清楚lncRNA的定位对于后续机制的研究具有十分重要的作用,今天小果就带大家来学习预测lncRNA细胞位置的数据库,赶快跟小果学起来吧!
数据库:lncLocator 2.0 (http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator2/)
1 进入数据库首页
2 选择lncRNA转录本序列上传模式,可以单个上传,数量比较多的话也可以打包进行上传。
3 选择细胞系,这里我们选择all
4 这里我们选择上传一个转录本序列的fasta格式,也可以输入自己的邮箱,然后点击提交,然后跳转等待页面,等待几分钟就可以出现结果了。
5 查看结果文件,我们可以看到该lncRNA主要富集在细胞核里面
跟小果学习之后,是不是发现关于lncRNA位置的预测特别的简单,只需要找到lncRNA的转录本序列就可以进行预测,后续再进行一些分子生物学实验验证一下就更好了。好啦!大家有什么疑问的,欢迎和小果交流!!!