近期有一位小伙伴私信小果,小伙伴是研究肌肉生长发育方向的,目前正在做一个基因的机制部分,想要看一下该基因是否受Myod1(一个肌肉生长发育关键调控因子)的调控,就来私信小果有没有相关的预测方法。
小果掐指一算,料到肯定有相关的预测方法,查阅了资料之后就给大家找到了MEME数据库中的FIMO算法,FIMO常见的应用场景是根据转录因子的motif,分析在某个基因的启动子区序列上是否存在对应的结合位点。是不是很神奇?我们只需要找到调控因子的motif文件以及想要研究基因的启动子序列就可以进行在线分析啦,分析过程十分简单,赶快跟小果一块学习吧!!!
1 进入数据库首页(https://meme-suite.org/meme/tools/fimo)
2 输入motif文件以及启动子序列文件,motif文件可以从jaspar数据库(https://jaspar.genereg.net)中下载,启动子序列可以从UCSC数据库(http://genome.ucsc.edu/index.html)中下载
3 点击提交,进入等待页面,稍等1分钟就可以出现结果了
4 点击FIMO HTML output 查看数据结果
5 结果解读
通过这个表格我们就可以发现调控因子能否和目标基因结合以及具体结合在那个区域,我们往往选择排名最靠前的结果,根据以上的结果就可以进行实验验证,或者佐证自己的科学问题啦。跟效果学习之后,是不是发现这个数据库特别简单?小伙伴们有什么疑问或者想要学习的内容,欢迎各位小伙伴们私信小果,小果都会竭尽全力的告诉大家的!