利用EnhancedVolcano包绘制高颜值火山图

今天小果发现一款非常不错的R包EnhancedVolcano，该包画出来的火山图效果非常不错，火山图的颜值非常高，下面尝试一下，代码如下：

1. 安装需要的R包

install.packages(“BiocManager”)

BiocManager::install(“EnhancedVolcano”)

install.packages(“tidyverse”)

1. 导入需要的R包

library(BiocManager)

library(tidyverse)

library(EnhancedVolcano)

1. 示例数据

#差异分析结果文件

df <- read.table(“limma.txt”, header = T)

#目标基因文件

markergene<-read.table(“genelist”,header=T)$gene

1. 代码展示

group<-ifelse(

df$log2FC<(-1.5)&df$Pvalue<0.05,’#4D4398′,

ifelse(df$log2FC>(1.5)&df$Pvalue<0.05,’#F18D00′,

‘#b5b5b5’))

group[is.na(group)]<-‘#b5b5b5′

names(group)[group==’#F18D00’]<-‘Up’

names(group)[group==’#b5b5b5′]<-‘Nosignif’

names(group)[group==’#4D4398′]<-‘Down’

#开始绘图

EnhancedVolcano(df,

x=”log2FC”,

y=”Pvalue”,

lab=df$gene,

pCutoff=10e-1/20,#y轴阈值线(水平)

FCcutoff=1.5,#x轴阈值线（垂直）

pointSize=3,#散点大小

labSize=3.5,#标签大小

xlim=c(-6, 6),#X轴范围

ylim=c(0,8),#Y轴范围

selectLab=c(markergene),#使用selectLab参数选定所关注的标签

xlab=bquote(~Log[2]~’fold change’),#将内容传递给xlab

labCol=’black’,#标签颜色

labFace=’bold’,#标签字体

boxedLabels=TRUE,#是否在框中绘制标签

drawConnectors=TRUE,#是否通过连线将标签连接到对应的点上

widthConnectors=0.8,#连线的宽度

endsConnectors=”last”,#连线绘制箭头的方向，可选first、both、last

colConnectors=’black’,#连线的颜色

colCustom=group,#用group覆盖默认配色方案

colAlpha=0.6,#调整透明度

cutoffLineType=’dotdash’,#阈值线类型

cutoffLineCol=’pink’,#阈值线颜色

cutoffLineWidth=0.88,#阈值线粗细

title=”Volcano plot”,#主标题

subtitle=”Differential expression”,#副标题

caption=bquote(~Log[2]~”fold change cutoff,1;p-value cutoff,0.05″),#注释说明

legendPosition=’right’,#图例位置

legendLabSize=12,#图例文字大小

legendIconSize=6)

今天小果的分享就到这里，有需要的可以借鉴学习，下期再见。