当小白一次性安装5个R包后,头发秃了!看我是如何安装的(一)
最近小果作为一名新手开始学习机器学习方面的知识,遇到了一些困难,掉了很多根头发后终于找到了解决办法,快来看看你有没有遇到这些问题吧!
本次学习主要是用到了survcomp,Hmisc,survival,survivalROC,CoxBoost这5个R包,小果本期主要分享Windows系统下如何顺利将其安装成功,希望大家能在安装这一步少走弯路,节约一些时间哦~在Ubuntu系统下的安装小果会分享在下期。
- 如果你此前没有安装过其它相关的包,小果建议从安装survcomp包开始。
首先打开Rstudio,在终端输入以下代码:
if (!require(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(“survcomp”)
因为小果没有指定安装位置所以是默认路径,你也可以通过以下代码指定安装位置:
install.packages(“package_name”, lib=”/path/to/custom/library”)
(后文小果都是默认位置,就不再重复了)
等待片刻后,就安装好了。
你可以输入library(survcomp)来查看是否安装成功,如果已成功安装该包,则不会有错误消息,并且该包将被加载。如果未安装该包,则会收到错误。
- 继续安装Hmisc,survival,survivalROC这3个包,你可以一个一个的装也可以一次性装,代码如下,CoxBoost我们放在最后安装。
install.packages(“Hmisc”)
install.packages(“survival”)
install.packages(“survivalROC”)
或者
install.packages(c(“Hmisc”, “survival”, “survivalROC”))
同样的,安装完成后可以查看是否成功。
- 最后,安装CoxBoost,一个总是报错的包,让小果的头发少了一半。
在安装这个包之前要做两件事,如果你已经完成了可以直接开始。
-
- 安装devtools
install.packages(“devtools”)
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- 安装Rtools (网址https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/)
打开网址下载对应版本即可,建议默认安装位置。
完成以上两项工作后就可以开始下载CoxBoost了
代码如下:
library(devtools)
install_github(“binderh/CoxBoost”)
至此5个包安装结束,检查一下:
终于成功了!希望小果能为你提供到帮助哦!
后记:
R包那么多,难道我要一个一个学吗!别担心,本公司上线云生信平台,只需注册账号就能满足你的多样分析需求!这只是冰山一角哦~
小果双手奉上链接:云生信 – 学生物信息学 (biocloudservice.com)