今天小果想要学习用EDTA(Extensive de-novo TE Annotator)进行重复序列注释,在注释之前需要先安装,小果是利用miniconda进行安装的,经过一番努力后终于安装成功了!让我们看看安装步骤如何吧:
- 下载miniconda安装包
官网:Miniconda — conda documentation
北外镜像:Index of /anaconda/miniconda/ | 北京外国语大学开源软件镜像站 | BFSU Open Source Mirror
注意要选择适合自己的版本哦。
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下载完安装文件就可以开始安装了!
在文件的下载目录下直接输入:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在这一过程中会出现阅读license的请求,一直按enter继续或者q退出都可,最后同意条款,输入yes继续
接着会出现选择安装目录,可以按enter默认安装路径,或者ctrl-c结束安装,或者直接输入新的安装路径改变安装位置。
继续yes
结束后测试一下安装,输入conda list
呀,小果发现conda命令无法被找到,不要慌,可能是因为conda环境路径没有被正确地添加到系统的环境变量中,可以输入以下命令来添加环境变量:
export PATH="/home/hui/miniconda3/bin:$PATH"
其中/home/hui/miniconda3/bin是我们的miniconda安装路径,小可爱自行修改哦。
输入echo $PATH打印出当前的PATH环境变量值,检查是否成功将路径添加到环境变量中,可以看到其中已经包含了miniconda的安装路径
再次输入conda list,成功~
接下来我们安装一下conda的channel方便安装各种其它实用的生信软件。
这里安装了两个channel.
官方:
conda config –add channels bioconda
conda config –add channels conda-forge
镜像:conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config –set show_channel_urls yes
通过conda config –show channels查看当前已添加的conda channels列表,如图成功安装,其中defaults为官方自带的channel.
或者(镜像)
好啦,接下来我们就可以安装EDTA了!下期见~
其他分析:云生信 – 学生物信息学 (biocloudservice.com)
如果想用服务器可以联系微信:18502195490