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这本期刊于2014年创刊，是柳叶刀唯一偏基础和转化的子刊，由ELSEVIER出版社以月刊的形式发行，中科院1区，而且是Top期刊，连续4年非预警。
https://www.ebiomedicine.com/
https://www.editorialmanager.com/EBIOM
研究领域：基础研究、转化研究、临床研究和卫生系统研究
影响因子：11.1
年文章量：518
自引率：0.9%
审稿周期：约2个月左右，接收到在线发表为2-3周，速度还是比较快的。
接收率：通过官网查询，去年发表的文章中国人文章占比35%，说明该杂志对国人文章还是很友好的！
版面费：开放获取（OA）出版方式，版面费5000美元。
这种集高IF，自引率低，见刊快，纯生信友好，国人友好等优点于一身期刊怎能不让人青睐！下面小云以一篇浙大团队近期发表的文章带大家体验一下这本期刊的魅力吧~
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题目：炎症性肠病发病机制中线粒体功能障碍的分子网络的多组学见解
杂志：EBioMedicine
影响因子：IF=11.1
发表时间：2024年1月
关注公众号，后台发送“123”可以直接获取原文PDF，文献编号：240525
研究背景
炎症性肠病(IBD)，包括克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)，造成相当大的健康负担。胃肠道上皮的线粒体功能在维持肠道健康中起着至关重要的作用。在炎症进展的早期，CD患者的线粒体嵴溶解或不规则可能表明功能受损，从而导致控制屏障完整性的紧密连接功能改变。虽然线粒体在IBD发病机制中的关键作用已经得到承认，但线粒体相关的特定基因及其对IBD的下游作用仍然难以捉摸。本研究旨在通过孟德尔随机化和共定位分析方法，整合多组学来研究线粒体相关基因与IBD之间的关联。
研究思路
主要结果
1.线粒体基因甲基化与IBD
线粒体基因甲基化对IBD及其亚型的因果影响结果如图1和图2所示。经过多次测试校正，在16个独特基因附近鉴定了29个CpG位点(图1)。在37个已鉴定的信号中，发现了19个独特的基因(PPH4>0.70)。对于同一基因的不同CpG位点的效应方向并不总是一致的。基因预测的cg21249771位的BOK甲基化增加一个SD与IBD的风险降低相关(OR 0.86，95% CI 0.81-0.92)，而基因预测的cg27088072位的BOK甲基化增加一个SD与IBD的高风险相关(OR 1.23，95%CI 1.12-1.34)。有218个CpG位点没有检测到与UC风险相关的多效性，7个CpG位点有4个独特基因在FDR校正后存活：ACADM、DNLZ、GPX1和PMPCA。Cg05467918(位于ACADM)、cg12603531(位于DNLZ)和cg14316865(位于PMPCA)具有高度支持共定位的证据。Cg12603531和cg14316865的关联在UK Biobank中复制。有趣的是，在CD和UC中都观察到了cg12603531和cg14316865的关联。
图1孟德尔随机分析中遗传预测的线粒体基因甲基化与炎症性肠病的关联。OR，优势比；CI，置信区间；PPH4，H4 的后验概率
图2 孟德尔随机分析中遗传预测的线粒体基因甲基化与克罗恩病和溃疡性结肠炎的关联。OR，优势比；CI，置信区间；PPH4，H4 的后验概率
2.线粒体基因表达和 IBD
表 1 列出了线粒体基因表达对 IBD 及其亚型的因果影响的结果。总共确定了 67 个与 IBD 相关的名义显着水平 (P < 0.05)。经过多重测试校正和共定位分析后，基因预测TUFM、MTX1、MRPL20、CISD1；、BCL2L11和 PMPCA与 IBD 风险呈正相关。相反，基因预测的 PARK7 表达水平较高与 IBD 风险呈负相关（表 1）。经过 FDR 校正和共定位证据过滤后，从基因角度预测 MRPL20、BCL2L11和 PMPCA的 SD 增加 1 个表达与 UC 风险增加相关，而基因预测 MRPL23、NDUFAF7、NDUFAF7、GLDC、ABHD11与 UC 风险降低相关（表 1 ）。MRPL23和ABHD11在英国生物样本库(UK Biobank)研究和FinnGen研究中得到了验证。在FinnGen研究中验证了MRPL20、MRPL23、BCL2L11和PMPCA。
表1 孟德尔随机分析中遗传预测的线粒体基因表达与炎症性肠病及其亚型的关联。
3.线粒体蛋白和 IBD
有 11、9 和 12 个线粒体蛋白分别与 IBD、CD 和 UC 风险相关。经过多次测试调整后，基因预测较高水平的 PARK7和 HINT1与 IBD 风险呈负相关（图 3）。基因预测较高水平的 HINT1 与 CD 风险降低相关，较高水平的 ACADM、PDK1，FIS1与 UC 风险降低相关（图 3）。在 PARK7 和 IBD 之间观察到共定位证据 (PPH4 = 0.70)。ACADM (PPH4 = 0.86) 和 PDK1 (PPH4 = 0.83) 在 UC 中具有高度支持共定位的证据。
图3 孟德尔随机分析中遗传预测的线粒体基因编码蛋白与炎症性肠病及其亚型的关联。OR，优势比；CI，置信区间；PPH4，H4 的后验概率。
4.整合多组学水平的证据
整合多组学证据后，鉴定了两个具有一级多组学证据的基因 IBD 和 UC疾病相关，包括 PARK7 和 ACADM。MR 分析中 4 个已识别基因的表达与相应的蛋白质水平呈正相关（表 2）。ACADM中cg05467918的甲基化与ACADM的较低表达相关，这与cg05467918甲基化对UC的积极作用相符（图1）。同样，在 PARK7 (cg10385390) 和 PDK1 (cg17679246) 中也观察到基因甲基化与基因表达之间的负相关，证实了其在 IBD 和 UC 中的保护作用。
表2线粒体相关基因的甲基化与表达、表达和蛋白丰度的关系
5.组织特异性验证
进一步探讨了肠组织中已识别基因的表达与 IBD 或 UC 的因果关系。由于结果数据中没有针对 PDK1 和 FIS1 的工具变量，因此分析不包括这两个基因。基因预测的 PARK7 表达水平与乙状结肠和横结肠组织中的 IBD 风险呈负相关（表3）。IBD 数据集中缺少小肠中 PARK7 表达的工具。基因预测的 ACADM 表达水平与乙状结肠和横结肠组织中 IBD 风险降低相关。
表3组织特异性基因表达与炎症性肠病和溃疡性结肠炎的关系
文章小结
本研究探索了线粒体相关基因甲基化、表达和蛋白丰度与IBD的潜在因果关系，证明了几种线粒体相关基因及其调控在IBD发病机制中的重要性。对于想在炎症性肠病药理学研究中靶点的寻找和确定的研究者也会提供新的研究思路。特别是结合了目前国自然研究的热点“线粒体”，取得了11+分的好成绩。大数据时代，科研人拿公开数据，发自己的文章！想复现的小伙伴抓紧扫码联系小云吧！
原文始发于微信公众号（云生信学生物信息学）：接收纯生信的柳叶刀子刊见过吗？见刊快，国人发文占比超3成！不信看这篇浙大李雪团队新作，MR联合线粒体0实验拿下11+！
