大家好，我是雪梨~~

今天我们继续来复现这篇IF5+非肿瘤的文章。

Figure 5 |  利用STRING数据库构建的DEG的PPI网络

Figure 5复现

进入STRING数据库：https://cn.string-db.org/，输入DEGs，选择物种

Figure 6 | PPI网络分析和枢纽基因鉴定

Figure 6A | cytoHubba筛选出的hub基因

Figure 6B | MCODE模块计算PPI网络和clueGO中的核心相互作用可视化

Figure 6A复现

进入STRING数据库：https://cn.string-db.org/，输入DEGs，选择物种

使用默认参数，点击【Exports】，下载第四个.tsv格式的数据

选择hub基因数目，选择MCC算法

调整形状字号大小、线条颜色以及排布等，保存得分文件

调整好样式之后选择【Export as Image】保存为.pdf或其他格式

Figure 6B复现

使用MCODE模块计算PPI网络和clueGO中的核心相互作用可视化，clueGO插件权限需要申请

在网站中输入邮箱申请密匙,需要等待三天左右，遇到平台报错，故此处先不使用

http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml

MCODE插件安装同样在App-App Manager中搜索MCODE，安装即可

使用默认参数

调节指针，右上角得分越高，包含的基因越关键

10-在展示窗口按该模型排布

11-下载相关文件，显示该模型包含的hub基因

或者使用cytoNCA插件，赋值修改后输出

Figure 7 | 用于预测 CRPS 的列线图

Figure 7A | hub基因的诊断列线图

Figure 7B | 使用Nomogram绘制的动态列线图

Figure 7A复现

使用仙桃学术绘制诊断列线图

数据结构如下：下载表达谱，提取差异基因的表达矩阵，将差异基因表达量按中位数分组，大于者计为”YES”。

结果如下：

Figure 7B复现

下载DynNom包，输入回归结果即可

8 | 补体和凝血级联通路的GSEA可视化

Figure 8复现

使用图一获得的差异分析结果提取所有基因的symbol和logFC,保存为图8.csv,使用仙桃进行GSEA分析

GSEA分析的结果会自动保存在历史记录中,手动输入想要可视化的通路

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