使用cytoscape的MCODE插件筛选hub基因






使用cytoscape的MCODE插件筛选hub基因

小果  生信果  2022-12-21 19:00:21

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#生信实操

String网站进行PPI分析,下载TSV文件

登入string网站,点击search,选择进入Multiple proteins

https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=btnIJ1IPN1ts&input_page_active_form=multiple_identifiers


将关注基因输入list of name框中,organisms框中选择物种


点击search,后点击continue


下载TSV文件,我下载的是  as short tabular text output  


TSV文件导入cytoscape

点击如下图标


选择先前下载的TSV文件 


后点击 OK 导入,我们这里得到了176个节点和566个互作关系对


运行MCODE插件筛选hubgene

Apps一栏选择MCODE插件,如未下载可在Apps一栏中的App Manager中搜索MCODE下载


点击Analyze Current Network


这样我们就得到了诸个子网络


点击from selected nodes,all edges


就可以得到关注的子网络


我们可以将 将分数最高的网络里面全部基因当作hub gene 

点击export table to files导出hub gene文件


至此结束


公众号回复“111”获取下方文件:


gene.txt 是string网站输入的基因


string_interactions_short.tsv 是 string 导出的TSV文件,也是cytoscape的输入文件


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