miRNA靶基因的集大成者,miRWalk数据库






miRNA靶基因的集大成者,miRWalk数据库

小果  生信果  2022-11-26 19:00:43

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#数据库

小伙伴们平时肯定接触过miRNA预测吧,miRNA预测的有很多数据库,小果比较常用的就是TargetScan和miRDB,这些数据库的预测结果都不太一样,所以小果想要得到靠谱的结果就要综合这些结果,那有没有综合这些数据库的数据库呢?其实是有的,那就是数据库miRWalk


先上链接

http://129.206.7.150/

界面简洁易懂,可以按基因预测miRNA,也可以按miRNA预测靶基因,小果这里需要miRNA预测靶基因,就在后面miRNA的搜索框里进行搜索。


搜索结果里就可以看到后面综合了两个数据库的结果,有link就表示在这个数据库里也有对应的结果。


我们可以把结果下载下来进行筛选,在下载的表格里,有对应的数据库结果是用1表示的,没有的话就是0表示,下载按钮就在结果表格的下方。


当然也可以在Filter里进行筛选

后面三个筛选框对应的是三个数据库。前面的0.95对应的是分值。


下面还有一些分析方法

Graph是网络分析,比如说小果这里把分值设置成1,后面三个数据库全部选上,然后画成网络图


下面还有GSEA富集分析

可以选择GO和KEGG富集分析,当然,也可以把结果导出。


这就是miRWalk数据库的主要使用方法了,是不是看上去还挺简单的,小伙伴们有需要的话就快去试一试吧!


好啦,这就是今天的主要内容了,小伙伴们有什么问题的话可以及时来和小果分享讨论吧。

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