你的肿瘤解密专家？TIMER教你浸润免疫细胞分析！






你的肿瘤解密专家？TIMER教你浸润免疫细胞分析！

小果  生信果  2023-04-29 19:00:38

今天小果带大家认识一个专门用来在免疫浸润方面做分析的网站，那么大家和我一起来看看吧！

什么是TIMER

在学习如何使用之前，我们先来简单的了解下TIMER网站是做什么工作的吧！
TIMER（Tumor Immune Estimation Resource）是一个免疫浸润分析的综合网站，旨在帮助研究人员评估肿瘤组织中的免疫浸润情况。该网站提供了一个可视化的界面，允许用户输入基因表达数据以及其他相关信息，然后使用不同的算法和模型来估计不同类型的免疫细胞浸润情况，包括T细胞、B细胞、巨噬细胞、NK细胞、树突状细胞等等，对于肿瘤免疫学、免疫治疗和药物研发等方面的研究都有着重要的应用价值哦。

TIMER主页

通过https://cistrome.shinyapps.io/timer/，即可进入TIMER主页哦。进入主页后，我们可以看到TIMER主要有7大在线功能模块，分别是：Gene Module，Survival，Correlation，Diff. Expression，Mutation，Methylation，Single Gene。

那么今天小果将针对其中的三个模块为大家做演示，大家快和小果一起学起来吧！

GENE

在Gene Module中，我们可以输入感兴趣的基因列表，并将它们分组以进行进一步的分析。用户可以在数据库中选择或上传他们自己的基因列表。
使用方法：在“Gene Module”页面，选择数据库或上传自己的基因列表。然后，可以选择不同的基因分组方法，例如GO功能注释、KEGG通路分析或用户自定义分组。接下来，选择分析参数，比如分析阈值和分组方法，最后点
击“Submit”按钮，即可得到分析结果。


Mutation

在Mutation组件中，我们可以输入基因列表并选择一个癌症类型，以查看这些基因在不同癌症样本中的变异情况。该组件提供了一种方便的方法来评估基因在癌症中的变异情况。
使用方法：在“Mutation”页面，选择要分析的癌症类型，并输入感兴趣的基因列表。然后，选择所需的数据库和突变类型，例如错义突变、无义突变和剪接位点突变。最后，点击“Submit”按钮，即可得到基因在不同癌症样本中的
变异情况结果。


Correlation

在Correlation组件中，我们可以输入两个基因，以评估它们之间的相关性。该组件提供了一种简单而有用的工具，用于评估基因之间的关系，以帮助发现潜在的生物学机制。
使用方法：在“Correlation”页面，输入两个感兴趣的基因名称。然后，选择要使用的数据库和相关性方法，并设置相关性分析参数。最后，点击“Submit”按钮，即可得到基因之间的相关性结果。


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