看小果如何一次搞定100个文件搞定回归系数






看小果如何一次搞定100个文件搞定回归系数

生信果  2023-02-19 19:00:46

小果在前期工作得到了100个如下文件




接下来我们要对BLUE和Prediction进行建模,并提取Prediction的回归系数

如果靠我们单独一个个算是很难短时间完成的,所以小果决定用R语言来做,只需要写一个简单的循环就可以解决


t<-matrix(0,100,1)#建立空矩阵file <- list.files(pattern=".sPred.result.csv")#建立文件名列表t=100for(i in 1:t){     pred = fread(file[i])  mod_M6 = lm(pred$BLUE ~ pred$Prediction)#建立线性回归模型  P<-summary(mod_M6)  c<-P$coefficients  c<-as.matrix(c)  t[i]<-c[2,1]}#End of for (rep in 1:t) write.csv(t,"regsBLUP.csv")

x列就是我们需要的回归系数

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