教你使用R代码玩转LASSO分析






教你使用R代码玩转LASSO分析

小果  生信果  2023-02-15 19:00:51


各位小伙伴大家好,小果和大家又见面了,最近呢小果get到一项新技能,可谓是干货满满,今天小果来教小伙伴们使用R代码进行LASSO分析。分享内容从LASSO简介,LASSO结果展示和LASSO分析代码三块展开。


#01

LASSO简介

LASSO全称为Least Absolute Shrinkage and Selection Operator,中文翻译过来是最小绝对收缩和选择算子,该算法一种采用了L1正则化(L1-regularization)的线性回归方法, 这种方法使得部分学习到的特征值为0,从而达到稀疏化和特征选择的目的。如果小伙伴们实在理解不了,可以将它理解为一种进行变量筛选的算法,然后对筛选出的变量进行cox回归分析,这个就是LASSO COX分析。


#02

 LASSO结果展示

说了半天的LASSO-COX分析,它的结果到底是怎么样,其实LASSO-COX分析产生两个图,一是LASSO系数谱(如图1),二是LASSO交叉验证曲线图(如图2)

图1:



图2:

#03

 LASSO-COX分析代码

LASSO分析需要的文件有两个,分别是表达数据和生存数据,小伙伴们可根据自己的数据进行整理,其中表达数据是这样的:


生存数据是这样的:


有了以上的数据之后就可以用R代码进行分析了,代码如下:   


好了,以上就是小云的分享,是不是干货满满呢,小伙伴快去试试吧。


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