小果带你用GSEA算法鉴定免疫相关的LncRNA






小果带你用GSEA算法鉴定免疫相关的LncRNA

小果  生信果  2023-04-26 19:00:36

长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA,lncRNA可以通过多种方式调节免疫细胞的生长、分化、增值、凋亡等生物学过程,从而影响免疫细胞的功能。目前。已经有 很多研究表明,免疫相关的;lncRNA在肿瘤、自身免疫性疾病、感染性 疾病等方面发挥着重要作用。

GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)算法是一种用于富集分析的方法,用于分析基因表达谱数据中的生物学通路、代谢通路或表观遗传学等基因集的富集情况,以揭示与不同生物学过程相关的基因集的功能特征。在研究免疫相关的LncRNA时,可以使用GSEA算法来分析差异表达的LncRNA基因集是否富集在免疫相关的基因集中。

和小果一起来看看小工具如何使用吧:


【应用场景】


对lncRNA做功能注释,也可以用于甲基化数据等。

双坐标轴图通常用来对比展示数据之间的变化趋势相关关系:

散点图 + 线性回归,展示3组数据的相关性

柱形图 + 折线图,像本篇例文这样,一个是数量,另一个是比例。


【上传数据】


Lnc_input.csv(A列表示不同类型的癌症,B与免疫相关的lncRNA的数量,C列表示所有的lncRNA的数量,D列表示所占比例)


 

【输出结果】ImmuLncRNA.pdf

该图展示了不同类型癌症中与 免疫相关的lncRNA的数量及所占比例。

 

今天的介绍就到这里啦,请持续关注小果,我们下期见~

GSEA算法鉴定免疫相关的lncRNA:www.biocloudservice.com/384/384.php

其他分析:云生信  – 学生物信息学 (biocloudservice.com)-文末点击阅读原文可以直接跳转

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