简单高效利用Batch Entrez批量获取基因别名

小果  生信果  2023-01-12 19:00:14

收录于话题

#在线工具

最近小果在学习过程中,发现自己的基因ID进行注释后,使用注释好的基因名提取表达矩阵时总是有些基因名与自己所使用的表达矩阵不符合,这时候就需要手动一个一个去查找未匹配上基因的别名,这样对于基因少的时候挺方便,但是如果基因过多,在逐个去查找就很费时,为了解决这个这个问题,今天小果就给小伙伴们教一种批量获取基因别名的方法,该方法简单易操作,性价比极高。

今天小果在这里准备了一个文件给文件里面包含多个基因ID,保存为gene_id.txt,如下图所示

#

有了文件接下来就介绍操作步骤:

1.打开NCBI,地址为:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,点击进入首页,找到Resource List

2.进入Resource List目录,找到Batch Entrez工具,点击进入Batch Entrez工具页面。

3.进入Batch Entrez工具页面,该页面顶部可以看到有Database,File两个目录下都有下拉菜单,在Database下拉菜单中中找到Gene,在File中上传gene_id.txt文件,点击Retrieve,开始查找。

4.点击完Retrieve,就会进入查找页面,因为小果查询的ID就10条左右,所以很快就查询完了,点击Retrieve records for 10 UID(s)进行结果查看。

5.点击完Retrieve records for 10 UID(s),进入到一个新的页面,也就是批量查询到的基因别名的结果页面,结果如下小伙伴可以自行查看自己的结果。

到这里呢,小果的分享就结束了,是不是很容易,小伙伴们快去试试吧。

推荐阅读

不会使用MSigDB数据库下载数据?快来看这里

独木成林,小果教您用genemania把少量基因做成PPI网络图

JASPAR——可预测转录因子DNA结合蛋白结合识别位点的数据库

风险比看不懂?小果带你弄明白单因素COX回归结果

LAASO的非癌症形态,LASSO的诊断分析

关注小果,小果将会持续为你带来更多生信干货哦。