软件下载网址如下

http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp

Mac、windows、linux系统均支持

下载后按照默认设置安装即可

需提前配置java环境

输入文件有三个，基因集文件、表达谱文件、表型文件

1、基因集文件下载

http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp

如上网址下拉，会看到MsigDB数据库，我们依照研究目的选择合适的基因集进行下载

2、表达谱文件

我们自己准备，行名基因，列名样本号即可

3、表型文件

后缀名为CLS，分隔符为换挡符/t 。我们建个TXT文件，改后缀名即可

第一行为 样本数 表型分类数 固定数值1

第二行是具体的表型分类，这里是两种，对应0的Lower，对应1的High

第三行是每个样本对应的表型

三软件运行

点击 Load data进入加载数据界面