搞生信的人一定要知道的小鼠(MGI)数据库






搞生信的人一定要知道的小鼠(MGI)数据库

小果  生信果  2023-03-30 19:00:16


每天一个知识点


Mouse Genome Informatics (MGI) 数据库


Mouse Genome Informatics (MGI) 是由美国杰克逊实验室创建的一个关于小鼠基因组学、遗传学和生理学的公共数据库。该数据库致力于整合、解析和传达有关小鼠模型、小鼠基因组、小鼠表型特征和疾病模型等方面的信息,为生命科学研究人员提供重要的支持和参考。

MGI 数据库包含了三个主要的组成部分:

  1. 遗传学和基因组学数据:

    包括小鼠基因组学、基因、突变体等基因遗传学的信息、小鼠基因表达谱以及小鼠基因底物、信号传导通路等方面的信息。


  2. 表型特征数据:

    包括小鼠整体表型特征、器官特征、细胞特征、代谢表型、行为表型等方面的信息。


  3. 疾病模型数据:

    包括小鼠疾病模型的基本信息、疾病相关的基因、表型特征、基因-表型-环境互作网络等方面的信息。

MGI 数据库的主要功能主要分为四个方面:

  1. 浏览和搜索:

    用户可以在 MGI 数据库中浏览和搜索各种信息,如基因、突变体、表型、疾病模型等。


  2. 数据下载:

    用户可以选择合适的数据集进行下载,并获取所需数据的详细说明和文档。


  3. 工具和资源:

    MGI 还提供了一些工具和资源,如基因比较、编码序列检索、小鼠遗传学术语表、小鼠表型测量手册等。


  4. 数据注释:

    MGI 对用户提交的数据进行注释,以使其更好地被广泛使用。

MGI 数据库提供了多种数据下载方式:

  • FTP下载:

用户可以通过FTP方式下载所需的数据。具体方法是,进入MGI数据库官网(http://www.informatics.jax.org/),点击页面上方的“Download”按钮,在弹出的下载菜单中选择FTP下载,并根据需要选择相应的文件类型和版本号进行下载。


  • 数据库工具下载:

MGI 数据库提供一些工具和软件供用户下载,如基因比较软件、小鼠遗传学术语表等。具体方法是,进入MGI数据库官网,点击页面上方的“Tools & Resources”按钮,找到所需的工具或软件,然后点击“Download”按钮进行下载。


  • Web接口下载:

用户可以直接从MGI数据库的Web接口上下载所需的数据。具体方法是,进入MGI数据库官网,搜索或浏览所需的数据,然后选择导出格式进行下载。


  • 邮箱订阅下载:

用户可以订阅MGI数据库更新的邮件通知,当有新数据更新时,系统会自动发送邮件通知到用户的注册邮箱,用户可以通过邮件中的链接下载所需的数据。


需要注意的是,使用MGI数据库下载任何数据前,用户需要仔细阅读和遵守该数据库的数据使用和共享协议。同时,对于某些受版权保护的数据,用户还需要获得相关数据提供者的授权才能进行下载和使用。

在生命科学研究领域,MGI 是一个重要的、可靠的资源库。它为小鼠模型的研究人员提供了全面而可信的数据和信息,支持开展基于小鼠模型的研究和发现新的治疗方法的应用。

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