生信分析中不可忽视的GTEx数据库
疑惑一:什么是GTEx数据库?
答:GTEx全称是Genotype-Tissue Expression,称为基因型组织表达。GTEx首次出现是2013年在Nature Genetics杂志上发表的文章The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project中,该文中首次介绍了Genotype-Tissue Expression,并成立了Genotype-Tissue Expression Consortium。2015年发表在Science上标题为The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans文章中。为了检查个体内组织之间的遗传表达如何变化,基因型组织表达(GTEx)联盟收集了1641个尸检样本,涵盖了175个个体的54个体位点。2017年在Nature上发表了4篇文章,其中标题为Landscape of X chromosome inactivation across human tissues的文章,指出GTEx整合来自449个个体的5500多个转录组,29个组织的940个单细胞转录组,并结合基因组序列数据。我们可以使用该数据库进行查询几乎所有转录基因的基因表达数据。
疑惑二:什么时候用到GTEx数据库?
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