多种花样都能懂,富集图的看法
小伙伴们,大家平时肯定经常接触一些有关富集的分析吧,常见的富集主要有GO富集和KEGG富集分析,就是对基因的功能和所属通路进行分析,富集图的表现形式多种多样,有些小伙伴们可能也没有见过。今天小果就带大家见识见识。
首先看一下比较常见的,气泡图。
这个图小伙伴应该基本都见过,横坐标是基因比例,就是富集在该项上的基因数比总基因数,其实反映的就是富集基因数。纵坐标就是这些项了,同时点的大小也反映了富集在该项上的基因数,富集到的基因越多,这个点就越大,而颜色反映了P值的大小,P值越小,-log10(pvalue)就越大,颜色也就越蓝,注意,这里的蓝只是这个图里的,更多的图是颜色越红越显著,注意看图例就行了。
除了气泡图以外,常见的还有柱状图
这就是常见的柱状图了,GO分为三部分,BP,CC,和MF,这三部分在图中用三种颜色显示出来,而横坐标是-log10(pvalue),这个值越大,P值就越小,也就越显著,但是这个图就显示不出来富集到的基因数了。
上面的图各有优缺点,但它们都有一个共同的缺点,那就是不能显示GO项上富集到了具体哪些基因。
上面这个是圈图,它就能解决这些问题,但基因数和GO项的分类就体现不出来了。
好了,小果今天给大家介绍的就是富集图的主要形式了,小伙伴们有什么问题都可以来和小果分享讨论哟。
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