独木成林,小果教您用genemania把少量基因做成PPI网络图
PPI网络图是生信分析中的常见图,它可以反应一些基因蛋白之间的相互关系,但一般来讲,做网络图,需要足够多的基因,正所谓独木难成林嘛。但事无绝对,自己手里基因少,可以从数据库里找啊,今天小果要介绍的这个网站,就是可以使用简单几个基因就可以构建PPI网络的genemania数据库。
网址为http://genemania.org/
界面很简洁,就长这样
左上角有个人的标志,表示现在物种是人,可以点击选择更换
这里可以选择大鼠小鼠果蝇斑马鱼等,都是一些常见的模式生物。
后面的搜索框可以写入一些基因,这里我们可以看一下示例,点击e.g.就出现了一些基因
点击搜索,就可以查到相互作用基因并自动构建网络了。
这样看上去有点乱。可以点击一下左上角的圆圈标志,一键整理
中间的是我们输入的基因,周围是数据库中预测出的结果。
左下角有个饼图的标志,点击可以选择这些基因参与的功能并在途中表示出来。
这里小果就选择了前七个,当然小伙伴们可以选择其他的功能,要注意的是这里小果选择了七个功能就不能再选择了,说明是有个数上限的。但这七种功能是可以组合的。
点击左侧的三个点的标志,可以导出结果,一般我们选择pdf就可以了。
好了,小伙伴们,今天的内容就是这些了,小伙伴们有什么问题的话都可以来和小果分享讨论啊。
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