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现在朋友间打招呼都是“你🐏了吗？”或者“你到哪个阶段了？”
小云上周还嘴硬说自己是“天选打工人”，奥密克戎还真是专治各种嘴硬不服
这不，说完第2天就进入🐏圈了，现在处于“刀片封喉期”，简直太痛苦了···
不过能爬起来还是要继续打工，勉为其难称之为“🐏圈打工人”吧，找生信新思路，走起！
前面小云持续给小伙伴们分享了“铜死亡”相关思路，预后模型、疾病分型、单基因···，肿瘤和非肿瘤疾病都有~~
那如果你关注的疾病在“铜死亡”方向上的生信已经有文章发表了（ps：尤其是肿瘤，非肿瘤的文章相对少很多，抓住时机赶紧上车，上车慢了就跟肿瘤中竞争压力一样大了），但还想蹭上“铜死亡”热点，那不妨换个思路！
找个“铜死亡”的近亲——“铜代谢”，比铜死亡涉及的范围更广，包含的基因更多，只要获得“铜代谢”相关基因就可以利用常规分析套路做生信啦！目前 “铜代谢”相关生信文章还不多，更多人还是把目光聚焦于“铜死亡”，，我们要做的就是快人一步，抓住这个发文时机，一举拿下高分生信！
下面给大家展示1篇铜代谢相关预后模型构建+简单qPCR验证的生信文章，轻轻松松8分+到手，还附带铜代谢基因集合，直接就能复现，一起看看吧
发表时间：
2022年11月
发表杂志：
Frontiers in immunology
影响因子：
IF=8.786
文章题目：
肺腺癌中铜代谢相关基因特征的发展
公众号回复“123”获取原文
数据来源
……
研究流程 ……
在TCGA-LUAD队列中鉴定了差异表达的铜代谢相关基因(CMRGs)。使用LASSO和多变量Cox回归分析来建立基于3个铜代谢基因的预后模型(CMRGS )。随后，在TCGA-LUAD和验证集GSE72094进行生存预后分析,并绘制列线图。此外，系统分析了高风险组和低风险组之间肿瘤突变负荷(TMB)、生物学特性和免疫细胞浸润的差异。免疫表型评分(IPS)和抗PD-L1免疫疗法队列(IMvigor210)用于验证CMRGS是否可以预测LUAD对免疫疗法的反应。最后，通过qRT-PCR验证关键基因的表达。
主要结果 …… 1. CMRG特征的建立与评估 在496个LUAD和59个正常组织之间鉴定了34个差异表达的CMRGs（图1A, B）。在TCGA队列中中进行单变量、多变量Cox回归和Lasso构建了基于3个CMRG的预后模型(CMRGS )（图1C-E）。根据中位风险评分将LUAD患者分为高、低风险组，进行KM生存分析（图2A），并在GSE72094中得到验证（图2D）。随后，基于T分期、N分期和风险评分建立列线图（图3C），并利用利用校准曲线（图3D）和ROC曲线（图3E）评估其预测性能。 图1CMRGS的构建
图2CMRGS的生存分析
图3列线图的构建与评估
2. 基于CMRGS的转录因子共表达、GO/KEGG富集分析以及GSEA分析 为了探索关键CMRGs的潜在机制和途径，从Cistrome数据库中筛选了与CMRGs相关的差异表达转录因子、构建调控网络（图4A），并进行GO/KEGG富集分析（图4B，C）。随后对CMRGS高、低风险组人群进行了GSEA分析（图4D）。 图4CMRGS的生物学功能分析
3. CMRGS的免疫微环境和免疫治疗反应分析 使用ssGSEA来评估高、低风险组之间免疫浸润细胞、估计评分、免疫评分、间质评分和肿瘤纯度差异（图5B-D）。 图5 TME细胞浸润分析
比较高、低风险组之间10个免疫检查点的表达（图6A）。IPS作为针对CTLA-4和PD-1的免疫疗法应答的有效预测因子（图6B-E），与免疫治疗队列imvigor210（图6F-H）一起用于预测两个亚组对免疫疗法的反应。 图6 不同风险组的免疫治疗反应分析
4. 关键CMRGs的验证 收集10对LUAD和正常对照样本，通过qPCR验证了3个CMRGs的表达水平（图7F-H）。 图7 关键CMRGs的表达验证
文章小结 …… 文章利用铜代谢基因构建预后模型并与免疫微环境、免疫治疗反应等进行关联分析，最后进行表达验证，思路比较简单，分析手段也很常规就能直接发了8分+，所以说选择一个创新方向是关键，铜代谢可以作为铜死亡的一个拓展，既能蹭铜死亡的热度，发文压力又能小一些。拿到“铜代谢”基因集合，换个疾病反手就是一篇新的文章！目前“铜代谢”方向的生信文章并不多，正是发文好时机，把握住哟。
小云公众号持续为大家带来最新生信思路，更多生信新方向请点击链接。需要复现或定制分析思路的朋友欢迎call小云，风里雨里小云公众号等你！ 1. 铜死亡+机器学习+疾病分型，一举拿下非肿瘤疾病生信分析高地！8分+思路奉上，再不上车可就晚啦！ 2. 看到就是赚到系列！Nature最新发现—神经肽CGRP促进T细胞耗竭！快拿去做单基因生信分析，抢发黄金期，千万不要错过！ 3. 颜宁教授深耕的离子通道方向还能做生信？相当可以！8分+Frontiers生信分析思路给你探探路，附带离子通道基因集可直接复现！
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原文始发于微信公众号（云生信学生物信息学）：别再只盯着铜死亡了！超赞的“铜代谢”8分+生信思路来袭，附带“铜代谢”基因集，换个癌种/非肿瘤疾病即可轻松复现！！