小果教你快速优雅使用Genecards数据库






小果教你快速优雅使用Genecards数据库

小果  生信果  2023-01-14 19:00:58

各位小伙伴大家好,小果和大家又见面了,前面呢小果有分享果关于TCGA数据下载、转录因子的一些数据库,但是都是仅仅提到了一些,今天呢小果来和大家聊一聊Genecard数据库。小果下面的内容从以下方面展开:一是Genecard数据库简介,二是简单使用Genecard数据库。




一、Genecards数据库简介

GeneCards是一个可搜索的集成人类基因组数据库,提供有关所有注释和预测的人类基因的全面、用户友好的信息。该知识库会自动集成来自约150个网络来源的以基因为中心的数据,包括基因组、转录组学、蛋白质组学、遗传、临床和功能信息。该数据库的网站是https://www.genecards.org首页是这样的





二、简单使用Genecard数据库。

1.在这里小果以tp35基因进行数据集的查询首先我们进入到Genecard数据库的首页Search GeneCards中输入tp53基因名也就是小果在下图中红色标出tp53基因的地方然后点击放大镜进行搜索达到数据查询的目的

2.点击查询后的结果如下图genecard数据库的查询的结果所有的都显示到了一个页面上总体来说对用户比较友好小伙伴可以在Jump to sectionResearch Product上找到自己所查询基因对应的结果条目Jump to section18个小条目Research Product13

3.比如说小伙伴们需要查询该基因的基因别名那么小伙伴可以点击Jump to section下的Aliases就会直接跳转到相应的界面通过下面的图片可以看出tp53基因的别名有P53LSF1此外还会列举出其他数据中的id信息

4.小果这里呢主要是查看下该基因的信号通路有哪些这时只需要点击下Jump to section中的Pathways就会自动跳转到通路页面此时只需要要找到小果想要查询信号通路就好了结果如下可以看到结果显示有六个信号通路点击感兴趣的条目就可以查看详细信息了

到这里呢小果的分享就到此结束了小伙伴有什么问题可以私信小果小果定会及时回复的期待与小伙伴再会哦



推荐阅读


关注小果,小果将会持续为你带来更多生信干货哦。