DNAMAN不是只能做序列比对吗?漏!大错特错!






DNAMAN不是只能做序列比对吗?漏!大错特错!

小果  生信果  2023-08-08 19:02:28

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之前小果分享了用DNAMAN做序列比对的方法,但是作为一款功能强大的分子生物学软件,还可以用来做这些哦:


一、翻译序列


点击左上方的文件夹标志,打开我们的老演员人类SOCS1基因。



在右上方的图案中找到translation(把鼠标放在标志上,会自动弹出功能)

根据想要的效果选择不同的项目,OK之后就做好了。



可以将结果保存也可以直接复制粘贴使用。


二、设计引物

导入序列,点击Primer➡Design PCR Primers for DNA


根据需求选择参数


完成,获得正引和反引。


三、绘制DNA序列的物理化学性质图


点击sequence➡DNA Properties就直接出图了。

可以通过双击图表的横纵坐标及标题来修改文字内容及各式。其中Tm是DNA双链解旋温度(melting temperature),dH指的是DNA双链的焓变(enthalpy change),也被称为△H。


四、分子克隆


先输入序列,然后在Restriction中打开Restriction Aalysis


选择要使用的限制性内切酶,可以在NEBcutter2等在线工具中输入SOCS1基因序列预测所需的限制性内切酶。

在左侧双击需要的酶即可选中,完成以后我们看一下结果:



上述结果表明,在人类SOCS1,使用EcoNI酶切割后会在第1个碱基到第148个碱基之间产生一个切位(CCTNN/NNNAGG),在该切位上进行酶切可以得到两个DNA片段,分别为线性DNA和环形DNA,它们的长度分别为148bp和1068bp,同时,在该DNA样本中未检测到其他的内切酶切位点,可以选择EcoNI酶进行DNA分子克隆。


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