以下是一种常用的方法：

执行Autodock Vina对接：首先，使用Autodock Vina进行蛋白质和小分子的分子对接。确保已经设置了合适的参数和输入文件，以生成对接结果。

解析对接结果文件：对接过程完成后，Autodock Vina会生成一个对接结果文件，通常是.pdbqt格式。您可以使用文本编辑器或脚本语言（如Python）来解析该文件。

查找氢键信息：在对接结果文件中，每个原子通常都会有相关的信息，如坐标和对应的原子类型。您可以通过检查原子类型以及其坐标的方式来判断是否存在可能的氢键。常见的氢键模式包括氢键受体（HBA，通常是含氧或氮原子）和氢键供体（HBD，通常是氢原子）之间的相互作用。

使用分子可视化工具：为了更直观地观察氢键，您可以使用分子可视化工具（如PyMOL、VMD或Discovery Studio）加载对接结果文件，并选择适当的显示模式和颜色来突出显示可能的氢键。

Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，AutoDock和AutoGrid两个模块网址是http://autodock.scripps.edu/，Autodock的分析工具（ADT）可以用于检查Autodock生成的对接结果中的氢键。

1 分析对接结果，打开对接的pdbqt文件。

Analysize–>docking –> open autodock vitual screening result ligand–>打开result.pdbqt

2我们导入对接结果pdbqt文件和蛋白质受体pdbqt文件。

3 分析相互作用力的情况点击analyze–>docking-show interactions就可以展示虚线的键。

4 为了排除视觉的干扰，我们先把蛋白质的球状模型隐藏掉,再选择一个对接结果的小分子模型。

5 在建的相互作用力中设置把display msms和cose contact也点掉，再点击氢键hydrogen bonds

6 如果发现没有变化，说明这个最低结合能没有生成氢键

7 我们按住右键键盘，换到下一个构像，这次会弹出白框，图片也发生了变化，可以看到小分子和蛋白质A链的457号氨基酸的N原子形成了氢键。

再按键盘右键发现没有了白框和小球生成出现，说明第三个构像又没有氢键。

结果分析时是选最低结合能最低但是没有形成氢键的那个呢还是选结合能还可以但是有氢键的那个呢。在对接结果中，通常最低的结合能对应着较稳定的结合构象。因此，一般来说，选择具有最低结合能的复合物作为候选结构是合理的。

然而，有时候具有较高结合能但形成了关键的氢键的复合物可能具有更高的生物活性。这是因为氢键可以在分子间形成稳定的相互作用，对于药物与靶标之间的相互作用来说具有重要的贡献。

因此，在选择对接结果时，需要综合考虑多个因素，包括结合能、氢键形成情况、药物与靶标的相互作用等。如果一个复合物具有较高的结合能且形成了重要的氢键，可能值得进一步评估其生物活性和特异性。

综上，选择最低结合能的复合物作为候选结构是常见的做法，但如果有明显的关键氢键存在且具有重要的生物活性，可以考虑对这些复合物进行进一步的评估和研究。我觉得严格来讲应该选择有氢键的。

8 顺便我们也学习一下在使用vina对接分析后的文章引用，我们来到他的官网之后，点击citation引用。

我们在运行完成vina之后也会有一段话，提示我们如何引用vina。

以上就是小果带你Autodock快速检查vina对接结果中是否生成氢键的具体操作以及关于vina的引用方法。

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