小果的单日小技巧DAY8:谁还不会450K甲基化数据的免疫浸润分析!?






小果的单日小技巧DAY8:谁还不会450K甲基化数据的免疫浸润分析!?

小果  生信果  2023-06-20 19:00:03

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  • 450K甲基化数据是一种常用的DNA甲基化芯片,它是基于基因芯片技术开发而来的,其中包含了大量的DNA片段探针,用于检测DNA中甲基化的CpG位点。

 


通过比较样本中CpG位点的甲基化状态,可以确定不同基因或区域的甲基化水平,从而揭示甲基化与疾病的关系,如肿瘤的发生、发展等。肿瘤组织中免疫细胞的浸润程度与某些基因的甲基化状态有关,通过对450K甲基化数据进行免疫浸润分析,可以了解肿瘤微环境中免疫细胞浸润的程度和种类,并探究甲基化状态与免疫浸润之间的关系。

在生信云平台【450K甲基化数据的免疫浸润分析】上传数据,即可收获结果。上传数据包括:包含450K甲基化芯片分组及不同位点甲基化水平的数据文件

  • 空间转录组是当前单细胞组学研究的热点之一,而Nature Methods也将空间转录组学评为2020年度技术,那我们也要跟上时代浪潮,学会空间转录组学。


上传文件1:Group450.csv


上传文件2:methylation450.csv


上传数据后等待片刻就能得到结果啦!跟着小果一起看看吧!


输出结果

1. Wilcox.result.csv(包含了经过 Wilcoxon rank-sum test 检验的差异甲基化位点的统计信息)


2. Immune.infiltration.result.csv(包含了不同类型免疫细胞浸润得分)


3. B.pdf


注:横坐标为分组,纵坐标为B细胞

4. meth.DMP.results.csv(差异甲基化位点的分析结果)


5. Neutro.pdf


注:横坐标为分组,纵坐标为中性粒细胞

6. Eosino.pdf


注:横坐标为分组,纵坐标为Eosino细胞

7. CD4T.pdf


注:横坐标为分组,纵坐标为CD4T细胞

8. NK.pdf


注:横坐标为分组,纵坐标为NK细胞

9. CD8T.pdf


注:横坐标为分组,纵坐标为CD8T细胞

10. Mono.pdf

 

注:横坐标为分组,纵坐标为Mono细胞

11. MethBeta.logistic.adj.csv(logistic回归模型调整后的甲基化数据结果文件)


好啦,到这里全部输出文件就介绍完毕了。

看了小果的介绍是不是想要迫不及待地试一下了呢?


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