「付费」【代码分享-14】纯生信文章必备分析内容，GDSC细胞系药物敏感性分析

今天小果给大家带来的分享也非常实用，在生信文章中该分析内容出现的频率很高，小伙伴是不是迫不及待想知道呀！给大家带来的是GDSC细胞系药物敏感性分析，通过该推文完全掌握药物敏感性分析，有需要的小伙伴可以跟着小果开始今天的实操。

1.准备需要的R包

#加载需要的R包library(pheatmap)library(data.table)library(ConsensusClusterPlus)library(ComplexHeatmap)library(lolR)library(impute)library(ggplot2)library(ggpubr)

2.数据读取和处理

# 加载TCGA-LUAD数据并处理，第一列为Ensembl_ID,其他列为样本名luad.expr <- fread("TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz",sep = "t",check.names = F,stringsAsFactors = F,header = T,data.table = F)

4.结果文件

4.1heatmap_in_tcga_luad.pdf

4.2 heatmap_ccle_luad.pdf    

4.3 boxplot_of_estimated_auc_in_ BX-795.pdf

该结果图片为GDSC细胞系各亚型对药物的敏感性显著差异分析柱状图。    

4.4 kruskal_test_of_estimated_auc_among_cell_lines.txt

该结果文件计算不同药物敏感性显著差异分析结果文件