2024-06-16

【手把手教你】Cytoscape—基因互作网络图的保姆级讲解

小图生信果 2023-08-08 19:02:28

转自公众号：生信图
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkxODUxNDgzNA==&mid=2247484145&idx=1&sn=2380abbac6976bf5b716aac1ba53b9b6

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大家还记不记得小图之前有提过Cytoscape，今天就是小图给大家兑现承诺的时候！

Cytoscape是一款使用很广泛的网络图绘制美化软件，是现在组学数据后期处理不可或缺的好用工具，今天小图就给大家详细介绍下Cytoscape的图片美化操作。

我们马上开始学起来~

一、数据准备

首先，你得先下载Cytoscape

（1）导入STRING互作分析结果数据“string_interactions_short.tsv”，数据中node1与node2为一对节点，combined_score为互作分数。

导入途径：File->Import->Network from File->OK。操作界面如下图：

（2）进行节点选择。操作界面如下图：

（3）对导入的数据进行网络化分析：在工具栏中选择Tools->Analysis Network->OK。操作界面如下图：

（4）如果没有小伙伴想要的类型可以进行自己构建，比如基因数目较多，可以采用同心圆的展示类型。在工具栏中选择Style->三->Create New Style。操作界面如下图：

是不是发现没有基因名

（5）在工具栏中选择Style->label-shared name->Passthrough Mapping。操作界面如下图：

这样名字就显现出来了

接下来就要进行展示网络的美化

二、美化

对于最初版的网络图，小图相信没有人会觉得好看，也绝对满足不了杂志的要求，那么，我们就动手美化它吧。

其实Cytoscape的可视化界面非常人性化，按照小图下面的批注，大家都点一点，应该很快就能掌握。

在页面左侧选择style(参数选择版块)对网络图进行美化。Cytoscape也自带了美化模板，大家可以依次尝试效果，也可以根据绘图需求在基础模板上进行参数调整。

style板块分为三个美化模块Node、Edge和Network。Node是美化节点，Edge是美化互作关系线、Network是作用于整张图。

（1）更改节点形状和大小。

选择Shape->Ellipse->Apply将节点形状改为圆形。操作界面如下图：

选择Height将节点高度改为75;

需要注意的是，在每个模块上都有三列，Def.列代表参数为全局参数，Map.列代表参数随互作关系而变化，Byn.列代表参数只作用于所选某一节点或互作关系。

将节点的大小改为连续变量，当一个节点与其它节点的互作关系线越多时，节点越大。选择Map.列的Height->Column->Degree，Mapping Type参数选择Continuous Mapping连续映射。操作界面如下图：

在连续映射中，节点的高度是一个连续变量，为了附和上图节点高度，将变量最大值改为75，最小值改为30。

节点的宽度Width如上操作。

（2）更改互作关系线的粗细

在Edge模块中，选择Map.列的Width->Column->combined_score，combined_score代表节点之间的互作强度。Mapping Type参数选择Continuous Mapping连续映射。在连续映射中，线的高度是一个连续变量，将变量最大值改为5，最小值改为1。操作界面如下图：

（3）数据挖掘

Cytoscape的数据挖掘主要是用到“筛选”工具。网络图常见的筛选方式是利用连通性筛选关键基因，Cytoscape可以直接计算点的连通性（K），点击菜单栏Tools->NetworkAnalyzer->Network analysis->Analyze Network，点击确认，连通性数据就会出现在“点信息页”，列名为“degree”。操作界面如下图：

点击筛选模块，新建筛选条件，在下拉菜单中选择“degree”，即可用连通性作为筛选条件，选择满足连通性要求的点。如果图片中点和线特别多，可以用该方法选择连通性较高的点新建画布，只对这些连通性高的基因做图。当然，筛选条件不仅仅是K值，也可以用WGCNA分析里的TOM值，或者基因的表达量等，只要是数值型变量就行，大家尝试一下就明白了。