小果的单日小技巧DAY4：预测某样本亚型对免疫治疗的响应step2
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上一期小果分享了利用生信云平台进行某样本亚型对免疫治疗的响应的预测，废话不多说，我们继续吧（仍旧是在服务器进行操作哦）。
食用步骤
Step1：Rscript preTIDE.R 亚型转录组数据进行标准化。
Step2：Rscript readTIDE.R 表型文件 TIDE输出 样本转录组 样本信息 TCGA中该类癌症全部样本转录组数据（剔除低表达）
Step3: Rscript readsubmap.R submap网站得到的矩阵中的16个pvalu
【后台使用方法】/media/desk16/zhl/miniconda3/envs/bio/bin/Rscript/media/desk16/zhl/tools/zhl106TIDE/example_and_coad/readTIDE.R/media/desk16/zhl/tools/zhl106TIDE/example_and_coad/easy_input_anno.txt/media/desk16/zhl/tools/zhl106TIDE/example_and_coad/TIDE_output.csv/media/desk16/zhl/tools/zhl106TIDE/example_and_coad/skcm.immunotherapy.47samples.log2CountsNorm.txt/media/desk16/zhl/tools/zhl106TIDE/example_and_coad/skcm.immunotherapy.47sampleInfo.txt/media/desk16/zhl/tools/zhl106TIDE/example_and_coad/expr_data_lowfiltered.txt
加餐~
1. 点击上传数据 输入***文件，输入的文件名必须和示例文件名一致，且都是英文无特殊字符。如果使用自有数据时，需注意文件名和对应的内容要匹配，以及输入数据里的行名列名等等。
2. 如有非文件类参数，点击 输入参数对应的值,默认比如 pvalue值是0.05 gene值是 TP53
【输入文件名】
所需文件展示
easy_input_anno.txt这是记录亚型样本的分型信息的文本文件↓
TIDE网站生成的输出文件↓
这是自有样本的转录组文件↓
记录自有转录组信息的文件，不改变列名，程序需要利用列名sample与label进行检索↓
这是TCGA中该类癌症的全部样本数据，应为fpkm格式，并且剔除了均值表达小于1的低表达基因↓
【生成文件展示】
skcm.immunotherapy.for.SubMap.cls
skcm.immunotherapy.for.SubMap.gct
Immune2.for.SubMap.cls
mmune2.for.SubMap.gct
以上这四个文件用于后期submap
嗝~吃得差不多了，我们下期见~
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