生信人R语言学习必备

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不管你是苦逼的医学生、还是更苦逼农学、生物学生，相信相关性分析一定是你科研路上要攻克的重要分析之一。相较于方差分析、聚类分析，相关性分析原理较为简单，这里小果就不再赘述了。今天的重点是绘图，话不多说，泡上一杯枸杞，代码开撸。

说起相关性分析，就不得不提相关性神包：corrplot（膜拜魏太云老师），尽管corrplot有着绝美的默认配色，唯美的画风，劳模般的更新速度。但终究是被显著性打倒。Corrplot不能在相关性r值的右上角增加显著性标识，这一点注定了corrplot的图不能用于发paper。那么问题来了，有什么包可以在r值右上角增加显著性标识吗？有请我们今天的主角：linkET。

曾几何时ggcor也是江湖上响当当的R包，但目前ggcor已经停更，好在github还有备份的ggcor，接下来就由小果带大家学习一下ggcor包吧。

首先是下载ggcor包，不能直接install.packages,需要用devtools安装

# install.packages("ggcor")devtools::install_github("mj163163/ggcor-1", force = TRUE)

library(ggcor)library(ggplot2)

set_scale()      #设置颜色范围，默认是蓝色到红色quickcor(mtcars, type = "upper") + geom_circle2()

quickcor(mtcars, type = "upper",cor.test = TRUE) + geom_circle2()+geom_mark()