Qiita一个超好用免费的宏基因组在线分析平台






Qiita一个超好用免费的宏基因组在线分析平台

师妹  生信果  2024-02-11 19:00:22

转自公众号：R语言学徒
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5MDk3Mzg4OA==&mid=2247491116&idx=1&sn=e1993e4c8a9b651a42c7b9889c864655

Qiita一个超好用免费的宏基因组在线分析平台
 

大家好啊，小果今天分享一个超好用并且免费的宏基因组在线分析平台——Qiita

一、宏基因组简介
 

宏基因组学(metagenomics)：是一种以环境样品中的微生物群体基因组为 研究对象，以功能基因筛选或测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、 功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。

二、Qiita
 

2.1什么是Qiita?
 

Qiita（标准发音为cheetah）是一个用于分析和管理多组学数据集的软件包。          
软件官网    
Qiita (ucsd.edu)
使用文档：
CMI Qiita/GNPS workshop — Qiita-GNPS-workshop 0.01 documentation (cmi-workshop.readthedocs.io)

2.2优势
 

Qiita为用户提供了一个免费开放的平台：
1.以课题的形式轻松共享和重用现有数据集。
2.可以使用符合标准的已发布和未发布数据进行分析（通过组合一项或多项研究及数据集）。
3.方便地与EBI存储库对接，实现自动操作。以编程方式查询Qiita数据并与之交互。

三、Qitta创建项目
 

3.1创建一个账户
 

首先点击官网右上角的Sign up按钮创建一个账户。
   
接下来按照要求填写信息即可。

3.2创建一个研究项目
 

创建好账户后登录，在左上角Study下创建一个新的研究项目。    
研究是Qiita的数据来源。研究只能包含一组样本，但可以包含多组原始数据，每组原始数据可以具有不同的类型 – 例如，16S、宏基因组学和代谢组学，甚至同一类型的多种 （例如，生物和技术重复等）。          

3.3添加样本信息
 

研究的第一个切入点是研究描述页。在这里，您将能够编辑研究信息、上传文件和管理研究的所有其他方面。
          

3.3下载示例文件
 

示例文件链接：
raw.githubusercontent.com
这些文件包含 16 个人类皮肤样本的 14S rRNA 微生物组数据。它是我们稍后将用于分析的数据子集。真正的测序数据大小可达数十GB！
          
样本信息文件将定义每个样本的生物背景，包括类别等。该文件中定义的内容用于将制备文件中的每个样本与生物样本联系起来。    

3.4 将样本信息附加到研究中
 

上传样本信息
 

上传文件页面
l将示例信息文件拖到框中以上传文件
l您上传的样本将显示在“文件”部分
l您当前可以上传biom表、.fastq文件、.fastq.gz文件等。
l如需完整列表，请查看任何研究的上传页面。
n请注意，不能处理“.zip”文件。    
n请注意，“.fasta”和“.fna”文件需要“.qual”文件才能提交。
n请注意，“.txt.”文件必须以制表符分隔，并且需要扩展名.txt。
l删除选定文件：删除带有选定框的文件
l转到研究描述：链接到研究描述页面 
选择上传之前下载的示例数据文件，后续小果将带大家做16s分析。
          
如果文件上传并处理成功，您应该能够单击“示例” 信息“选项卡，然后查看导入的数据字段的列表。
接下来我们就可以对其进行分析。          

四、Qiita进行16s分析
 

我们点击创建一个新的准备。    
从“选择文件”下拉列表中选择“prep_info_16S.txt”，然后选择“16S”作为 数据类型。（可选）还可以选择多个调查之一 可用于将数据与 数据库。单击“创建新准备”。
点击左下角添加文件按钮，依次将fastq原始文件添加到下方。
这样就准备好了~
选择拆分文库FASTQ命令，然后添加命令。
您将看到处理流程的跟新。
选择剪切命令，100个碱基对    
接下来选择拾取OTUs命令，默认情况下，Qiita使用基因16S参考数据库。
接下来就可以点击运行了。将执行所有这些工作。黄色标识正在运行，如果为绿色，表明命令已经运行成功了。    

运行结果
 

数据总结          
BIOM 格式 OTU 表的摘要为您提供了表摘要、有关每个样本频率的详细信息以及每个样本的特征数直方图：    
          
你学会了吗，小果今天的介绍就到这里了，我们下期见~          
如果小伙伴有其他数据分析需求，可以尝试使用本公司新开发的生信分析小工具云平台，零代码完成分析，非常方便奥，云平台网址为：http://www.biocloudservice.com/home.html

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