1、-Eset表示基因表达矩阵文件，以基因为行，样本为列，保存为 csv 文件；

2、-case 表示疾病组分组名称，字符型，注意要和 group_file 中保持一致，例如”septic_shock”；

3、-control 表示对照组分组名称，字符型，注意要和 group_file 中保持一致，例如”healthy”；

4、-group_file 表示样本表型信息，包含两列，第一列为样本名称，顺序必须和基因表达矩阵的样本一致，第二列为对应的表型分组，并且表头设置为”group”；

5、-cell_type 表示各个免疫细胞所属的细胞亚群，共三列，第一列为细胞全称，第二列为细胞缩写，名字和 xCell 中内置的一致，第二列为细胞所属的亚群名称，该文件为固定文件，程序运行只需要将该文件拷贝过去，直接进行利用，不需要自己制作。

让我们一起看看结果如何吧：

1、各个免疫细胞在各个样本中的相对浸润丰度热图。最上边不同颜色横条表示不同表 型的样本，最左边不同颜色表示不同细胞亚群，图中的颜色从绿到黄红表示细胞含量从低到 高

2、Epithelial 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图。不同 颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value

3、HSC 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图。不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value

4、Lymphoid 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图。不同 颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value。

5、64 种免疫细胞在各个样本中的相对含量。

6、Stroma 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图.不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值 。

7、六个表格文件，分别表示 6 个细胞亚群中的各个细胞在两种表型中的含量经过显著性检验后 的 p.value 值（下图为Epithelial）

以上就是全部结果的展示了，怎么样，是不是心动了呢？

戳链接直达：云生信  – 学生物信息学 (biocloudservice.com)-文末点击阅读原文可以直接跳转

计算64种免疫细胞相对含量及可视化：www.biocloudservice.com/107/107.php