小伙伴们大家好啊，大海哥又和大家见面了，今天大海哥要介绍一个数据库以及一个插件，首先介绍一下JASPAR数据库（https://jaspar.genereg.net/），这个数据库大家应该有所耳闻，它包含了9个不同的子库，其中CORE库属于高质量，非冗余转录因子数据库，包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物，线虫，昆虫，真菌和植物。

今天我们主要讲解如何使用这个数据库。首先看看主页是什么样子的

那么展开操作之前，我们先了解一下，转录因子是什么？

转录因子（Transcription Factor）其实是一类蛋白质，它们在基因表达调控中起着重要的作用。转录因子能够结合到DNA的特定序列上，并调控基因的转录过程，从而控制蛋白质的合成。转录因子通过与DNA上的特定序列结合，调控基因的表达。这些特定序列称为转录因子结合位点（Transcription Factor Binding Sites），通常位于基因的启动子区域。转录因子的结合可以促进或抑制基因的转录，从而影响蛋白质的产生。

介绍完，开始操作吧，第一次使用的小伙伴还可以点击下方图示的位置JASPAR interactive tour，会有流程指导哦！

首先点击左侧工具栏中search，可以查找感兴趣的数据。可以通过TF名称或ID、物种、分类单元、uniprot ID或任何其他关键字进行搜索。Advanced Options为高级查询，以检索人的转录因子SPI1为例，下方可选框中选择筛选要求，快速锁定目标数据。

点击Search后，查询到了6条结果

点击ID号，可以跳转至SPI1 motif详情，包括文件摘要、序列logo图、PFM矩阵（文件可下载）、TF-binding信息（FASTA格式为该motif在基因组范围的结合区域的序列，bed格式为该motif在基因组范围的结合位点，可点击下载）、外部链接、版本信息、ChIP-seq centrality、TFFM和其它信息

除此之外呢，我们还可以使用Cytoscape中的iregulon插件来预测靶基因关联的转录因子哦！

首先我们需要打开Cytoscape，点击上方的Apps

然后搜索iRegulon，稍等一会就会跳转到下载页面

点击我们需要的软件后，注意一下我们使用的版本是不是符合要求的，如果不符合的话，是没有办法安装的，大家要注意！

点击安装后，稍等一会回到Cytoscape界面，我们就可以看到Installed apps这里出现了iRegulon

然后我们回到Cytoscape主页面，上传我们需要分析的靶基因

只用一列就可以了

就像这样就可以，然后点OK

再选中所有的基因

就像这样全部显示黄色就可以，然后点击上面的Apps，按下面的步骤操作就可以开始分析啦

就会出现如下所示

这里有几个关键指标

Node information

Number of selected genes:所预测的基因数目

Ranking

Type of search space:基于基因

Motif collection: 10k/6k

Track collection:1120 ChlP-se/750

Putative regulatory region:起始位点上下游端

Motif/Track rankings database:排序所根据的数据库

Recovery:

富集分数

AUC值

排序阈值

TF prediction

FDR:发现错误率

最后结果就是包含下图三部分Motifs、Tracks和Transcription Factors（TF）

如果对某个TF感兴趣，想画个网络图看看，可以点击Transcription Factors，然后选中TF，点左上角的加号按钮就可以了

然后就会出现下图所示的网络图哦！

怎么样，是不是很方便，不仅如此，还可以通过TF预测对应靶基因呢！点击下图位置

然后会出现如下的界面

然后可以选择物种和数据库，点击Submit，就可以出现网络图啦！

是不是很好用！小伙伴们如果方便，不妨自己动手试一试哦！说不定会有很好的结果图哦！（最后推荐以下大海哥新开发的零代码云生信分析工具平台，包含超多零代码小工具，上传数据一件出图，感兴趣的小伙伴欢迎来参观哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html）

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