11种拓扑算法去筛选你的关键基因！快跟着小果去学习一下cytohubba插件的使用！

小伙伴做生信分析时候可能见多了筛选关键基因的方法，比如我们拥有生存数据情况下可以去使用lasso、cox等回归筛选关键基因，而我们有时候想换一种方式去筛选基因，那么小果这里介绍一种方法去筛选我们的核心基因，就是Cytohubba插件，这个是Cytoscape软件种的应用，

这个插件呢主要用于通过其网络功能对网络中的节点进行排名。CytoHubba提供11种拓扑分析方法，包括度，边缘渗透分量，最大邻域分量，最大邻域分量密度，最大集团中心度和六个中心点（Bottleneck，EcCentricity，亲和度，辐射度），中间性和应力）。在11种方法中，MCC在从PPI网络预测必需蛋白质的精度上具有更好的性能。

我们下面就去学习一下这个插件的使用！这里我们要准备好自己的基因，先在string数据库中寻找到基因与基因之间的关系。这个数据库包含庞大蛋白质与蛋白质之间关系。网址在这里：

https://cn.string-db.org/

我们看看如何使用吧！

我们点击search进入在这个页面    

选择第二个小伙伴看好了，接着我们就把准备好的基因放进去，这里小果准备了一些之前做个差异的基因

   

          

下面的物种我们选择人类，如果小伙伴需要其他物种的自行去设置

下面我们提交

   

301个，也不是很多，我们复制在数据框中，如下：

这里会有数据库中找到很多相关的基因，我们点击 下一步

就会的到一个网络图，不过这次重点不是这个网络图，是我们的数据形式，这次我们导出这次的结果    

我们选择

然后就会得到

这样一个文件，下面就是我们的重要内容了，小伙伴打开cytoscape，然后使用软件打开这个文件

或者在file-import-file中打开     

就会得到这样一个文件，下面我们就对他们Cytohubba处理，如果没有这个插件的小伙伴在

中

小果这里已经按照好了，下面我们就去分析一下这个插件的使用吧！    

点开这里，然后我们点击

   

然后就开始分析了！

结果就是这样，我们会在这里

看到有很多的算法

小伙伴可以根据自己的选择去筛选自己想用的算法，这里小果使用MCC算法去演示

然后点击

然后    

就出现了，小伙伴注意一下

这里的选项，每一个选项功能不一样，这里小果演示一下小伙伴就明白的了

会出现这样的图形    

就是把所有的都展示出来了

这里就是只展示MCC算法的前10的    

这个也是同样，只不过我们的排序不同    

右边的

可以保存我们这个MCC算法的结果，

这里可以到处我们的这个算法的网络表格形式的文件还以图片，

最右下角可以显示我们所以算法的结果    

这里我们就可以导出所以的结果，来看看         

有了这个表格小伙伴就可以去利用好Venn图去筛选11种拓扑算法种的核心基因，不过我们想要一种算法 一般也需要我们去使用图片展示，不过上述网络图的形式在文章中肯定是不行的，我们就需要调整一下    

小果这里稍微调整一下，我们选中这个MCC算法中的基因然后在

我们可以在这个中选择attitude gricle layout按照圆的形状去排序

点击之后选择select node only-select，我们按照簇一进行排序

              

然后我们可以在

去调整一下细节，比如颜色还以文字的大小等等，小果这里展示一下    

小果这里把形状改成圆形的字体调大，这样一来的图片我们就可以放在文章当中了，小伙伴快去动手试试吧，一定要自己亲自实验一下，这样才能理解每一步的意义！

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