分子可视化工具Pymol速通指南（二）
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上面在分子可视化工具Pymol速通指南（一）中，小图带着大家简单了解了Pymol是什么以及从PDB网站中下载蛋白质的结构，那么接下来，小图就要带着大家实际操作，看下如何用Pymol去观察蛋白质的不同结构。
一、Pymol的菜单栏介绍
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A (Action）菜单：包含各种Pymol命令和函数，可以通过这个菜单实现各种操作，如选择、旋转、平移、缩放、设置视图、测量距离等。
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H（Hide）菜单：用于隐藏某些显示的对象，可以通过这个菜单选择隐藏不需要的对象，比如隐藏水分子、离子等。
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S (Show) 菜单：用于显示和展示对象的不同属性，例如显示原子、氨基酸、二级结构等。
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L（Select）菜单：用于进行更为复杂的选择操作，可以通过选择菜单来选取细胞、配体、链、残基或原子等多种生物分子的特定区域。
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C（Color）菜单：用于对生物分子的颜色进行设置，颜色可以通过指定颜色名称、Hex值或RGB值来设置。
二、蛋白质的不同结构的展现
介绍完Pymol的菜单栏，接下来我们可以对绿色荧光蛋白GFP的不同结构进行观察了！要知道的是，我们首次加载7PNN.pdb文件时候，打开所观察到的就是cartoon的形式。如上图所示。
sticks形态表示连接两个原子的化学键，通常用来表示分子中的主要键；lines形态则表示更弱的范德华力相互作用、氢键等非键性相互作用，通常用来表示分子中的次要键。sticks形态与lines形态，他们之间的形态差异并不明显，都是以棍棒表示各原子间的键接，只是连接线较粗。具体操作为：点击菜单栏中的 s-> as->sticks，以及s-> as->lines。如下图所示分别为sticks形态与lines形态。
ribbon形态是将蛋白质中主要的二级结构（α-螺旋、β-折叠等）展示成由连续的箭头、线条等组成的三维连通形态。具体操作为：点击菜单栏中的 s-> as->ribbon。如下图所示分别为ribbon形态。
spheres形态提供了非常直观的分子形态信息，方便观察分子中原子之间的相互作用和空间排列，特别是对于结构比较松散的生物大分子（如糖类、核酸等）的可视化表达，spheres形态常常被使用。具体操作为：点击菜单栏中的 s-> as->spheres。如下图所示分别为spheres形态。
三、蛋白对象的简单平移、旋转、缩放
（1）平移，按住鼠标中键不放，然后上下左右移动，进行体会，蛋白会随着鼠标而移动
（2）旋转，按住鼠标左键不放，然后上下左右移动鼠标，蛋白会进行旋转
（3）缩放，按住鼠标右键不放，然后上下移动，蛋白会进行缩放
（4）切割 滚动鼠标中键， 建议将蛋白渲染成surface模式，然后滚动鼠标中键
四、保存图片
最后，如果分析完所选择的模型，可以导出该展示结构的png格式进行保存。在保存之前点击ray选项，可使结构更具有光泽度和立体感。具体步骤为在菜单中点击File->export image as PNG保存图片。
看完这两篇指南，相信大家也对Pymol的操作有了进一步的认识吧！Pymol的功能非常强大，也是我们后面进行分子对接和药物筛选的基础。也希望大家能再进一步地进行学习！小图的讲解也结束啦，如果觉得意犹未尽的话，可以点击http://www.biocloudservice.com/home.html来学习交流哦！
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