小果发现用SRA Toolkit工具下载转录组数据很好用！
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（56线程，256G内存，个人存储1T）
有时候我们想要下载别人的转录组数据进行练习或分析，可能会突然发现无从下手，巧妇难为无米之炊啊，这可怎么办？
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。
SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包，主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive（SRA）中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具，支持从SRA下载数据、将SRA转换为常见的FASTQ格式、将FASTQ文件转换为SRA格式等多种功能。
SRA Toolkit不仅适用于NCBI SRA数据库，也可用于处理其他来源的高通量测序数据。使用SRA Toolkit可以实现高效的数据下载、数据格式转换、数据处理和分析等多个步骤，并且支持多线程和分布式处理，能够加快数据处理速度和提高数据处理效率。下面我们一起来看看这个工具如何使用吧~
1. 安装SRA Toolkit
conda create --name sratoolkitconda activate sratoolkitconda install -c bioconda sra-tools
2.下载数据ls
激活sratollkit环境，然后就可以用它批量下载数据了，因为数据量太大，而小果只是想作为练习，因此只下载了9个 样本的测序数据，具体方法如下：
（1）查找需要下载的SRA数据的访问号（Accession Number）
（2）下载Accession List，会下载一个包含所有Run编号的文本文档
小果这里只保留了9个样本（在文档里删除其他不需要的run编号就可以了），需要的话可以全部下载。
（3）在终端中切换到要将SRA文件下载到的目录
nohup prefetch -O . $(<srr_acc_list.txt) &<=”” span=””>###将文件下载到当前目录并作为后台进程运行
当然了，你也可以这样下载，不过会比较麻烦：
prefetch SRR8054374 SRR8054375 SRR8054376 SRR8054377 SRR8054378 SRR8054379 SRR8054380 SRR8054381 SRR8054382### SRR8054374等为SRA文件的run numbera year later……
好啦，可以看到文件已经下载完成了。
3.转换格式
如果你下载的文件在同一个目录下：
fastq-dump --gzip --split-files *.sra &#将.sra文件转换为.fastq.gz文件gunzip *.fastq.gz #解压缩所有.fastq.gz文件
以上就是全部内容啦，我们下期见！
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