【小云解读生信图】这次讲讲，基因集富集分析GSEA图怎么看?
转自公众号：云生信学生物信息学
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650748689&idx=2&sn=42b24ca11b3b2df47310d7e1910bd8d1
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话不多说，先看图，这应该是大家最常见到的GSEA图
（doi: 10.3389/fimmu.2022.871564）
1. 什么是GSEA？
Gene Set Enrichment Analysis (GAES，基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。
2. 有GO/KEGG富集分析了，为什么还要做GSEA？
GO/KEGG富集分析是先筛选差异基因，再判断差异基因在哪些注释的通路存在富集；这涉及到阈值的设定，存在一定主观性并且只能用于表达变化较大的基因，即我们定义的显著差异基因。
GSEA则不局限于差异基因，不需要指定阈值（p值或FDR）来筛选差异基因，我们可以在没有阈值限制的情况下分析我们感兴趣的基因集，而这个基因集不一定是显著差异表达的基因。GSEA分析可以将那些GO/KEGG富集分信息中容易遗漏掉的差异表达不显著却有着重要生物学意义的基因包含在内。
3. GSEA原理是什么？
（doi: 10.1073/pnas.0506580102）
4. GSEA图怎么看？
（ps：不一样的只是形式，解图的方法还是不变滴，万变不离其宗）
（把多个通路的基因集放在一个图中展示，doi: 10.1155/2022/4254195）
GSEA图的解读有没有让生信小白们豁然开朗呀？还有问题的话欢迎给小云留言或私信哦，为了让这个系列能一直更新，朋友们快来多多留言支持吧
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