R语言pophelper包对 Admixture遗传结构分析可视化

小果生信果 2024-01-05 19:00:27

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#生信实操 #R #代码

对于Admixture软件生成的遗传结构分析结果进行可视化如果只使用boxplot函数，会比较单调如下图

如果想要绘图更赏心悦目一些可以使用R语言pophelper包，效果如下

如果上图成功引起了你的注意，那接下来就和小果一起敲代码吧

代码如下

rm(list=ls());gc();BiocManager::install('pophelper')#安装依赖包install.packages(c("devtools","ggplot2","gridExtra","gtable","label.switching","tidyr"),dependencies=T)
# install pophelper package from GitHubdevtools::install_github('royfrancis/pophelper')
library(pophelper)library(data.table)options(stringsAsFactors = F)alist <- readQ(filetype="auto",list.files(path="D:/test/", full.names=T))

alist<-alignK(alist)plotQ(alist,exportpath=getwd(),sortind="all" , height = 5,      width = 5,showyaxis = TRUE,imgtype="pdf",showlegend = TRUE,showdiv = FALSE,outputfilename="plotq7")
plotQMultiline(alist,sortind="all",exportpath=getwd())