从STRING到Cytoscape，小果带你看PPI网络的构建 小花 生信果 2024-01-12 19:00:24 转自公众号：生信花http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzODUxNjcwMA==&mid=2247486502&idx=1&sn=d9059f7d8de0a311773f92a1a1b94626 经常做分析的小伙伴应该都接触过PPI网络吧，通过PPI网络可以观察到各基因蛋白之间的相互作用关系，这是个很有意思的分析，它比较简单，只需要输入基因名就可以了，算是比较简单的分析了，下面就跟随小果的脚步来看看PPI是怎么一步步构建起来的吧。 首先我们要准备一些基因名，准确的说应该是蛋白名，然后进入STRING的网站，网址是https://cn.string-db.org/，就是下面这个界面。 这里左边选择输入数据的类型，Protein by name就是输入蛋白的名字，输入一个蛋白名，进行与其有相互作用蛋白的预测，而我们常用的是Multiple Protein，可以输入多个基因名。 下面Organisms可以选择物种，常见的有人和小鼠，小画这次用到是小鼠的蛋白名，简单说一下，一般来说，人的蛋白名是英文大写字母加数字，而小鼠的蛋白名首字母大写，后面的小写，当然了，这个并不绝对，选好之后就可以进行分析了。 然后进入这个界面，主要是确认一下输入的蛋白名，有的可能在库里没有，或者需要换成其他的名字，没有问题就继续了，countinue。 之后就是结果页面了，这个页面主要说两点，一点是settings，这个是用来设置的。 主要是minimum required interaction score这个选项，这个控制的是相关性分数，蛋白和蛋白之间会计算一个相互作用的分数，这里可以设置阈值，达到阈值之后才会用线链接，分数一般有0.15，0.4，0.7，0.9这几个挡位，如果网络里线太少可以调低阈值，同理，线太多也可以适当提高阈值。 然后就是导出文件了。 这里可以直接导出图片，格式就是png和svg，svg可以用AI另存为pdf，如果要继续美化的画就要导出tsv格式的文件，这里面主要是记载了有相互作用的基因以及相互作用的分数。Tsv有两种，一种是单向的线，另一种是双向的线，小果比较习惯单向的线。 下载下来之后就需要我们的另一个主角登场了，那就是Cytoscape，这是一个软件，图标是这样的。 打开之后界面如下。 导入文件的位置是那个三点两线，旁边有个下箭头的图标。 选择我们导出的tsv文件就可以构建网络了。 前两列就表示参与网络的蛋白节点，处于同一行的就说明这两个节点之间被线连着，如果我们要自己构建网络的话，要至少两列数据，就是这里的前面两列，列标题也要和这个一样，分别是#node1和node2。 读进来就是上图这个网络，看上去很简陋，需要美化一下。这里就需要插件了，处理PPI最常用的插件就是cytoHubba。插件需要安装，安装方法就是点击App，然后在弹出的这个框里搜索需要安装的插件。 安装好之后就可以在坐标工具栏里找到了。 分析方法也比较简单，直接点击Calculate，就可以计算分析了。 这里选择展示的节点，小果一般喜欢全都展示出来，这里有51个节点，所以小果就选择了51，下面可以选择按照什么指标进行颜色深浅的设定，小果习惯使用Degree，比较直观，就是节点周围的连线数，连线数越多，颜色就越深，设定好之后就可以点击提交了。 这就是调整后的图片了，是不是感觉上色之后就好看多了呢。 cytoHubba计算出了很多指标，这些指标可以用于关键节点的筛选，比较常见的除了Degree之外还有MNC和MCC等。 可以选择将文件导出，但要注意导出的文件没有节点的名字，可以手动复制粘贴添加过去。 到这里，从STRING到最后PPI网络图的构建就基本完成了，但还有一些细节可以调整，这些小果会在后续的教程里继续教大家的，小伙伴们要有耐心哟，好了，这就是今天的主要内容了，小伙伴们有什么问题和想法都可以来和小云分享讨论哟。 往期推荐 1.搭建生信分析流水线，如工厂一样24小时运转Snakemake——进阶命令 2.比blast还优秀的序列比对工具？HMMER来了 3.对单细胞分析毫无头绪？让popsicleR领你入门 4.小果带你绘制ROC曲线评估生存预测能力 5.软件包安装、打怪快又好，1024G存储的生信服务器；还有比这更省钱的嘛！！！
