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if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")# 判断是否已经安装biomformat包BiocManager::install("biomformat")# 安装biomformat包，用于与BIOM格式交互输入library(biomformat) # 载入biomformat包packageVersion("biomformat") # 查看biomformat包版本显示如图所示版本号表示安装成功
rich_sparse_file = system.file("extdata", "rich_sparse_otu_table.biom", package = "biomformat")x1 = read_biom(rich_sparse_file) #将示例文件存入变量x1x1 #显示x1文件类型
biom_data(x1)
observation_metadata(x1)
sample_metadata(x1)
class(x1) #查看x1数据类型x2 <- as(biom_data(x1), "matrix") # 格式转换x2 # 查看x2内容class(x2) # 查看x2数据类型
plot(biom_data(x1)) # 点图 
boxplot(as(biom_data(x1), "vector"), col = c("skyblue", "lightgreen"), pch = c(16, 18), xlab = "Group", ylab = "Values", main = "Boxplot of biomformat", width = 0.5, border = c("black", "black"), notch = TRUE, varwidth = TRUE) # 箱线图
heatmap(as(biom_data(x4), "matrix")) 
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