看这里,看这里,三分钟教会你使用clustalw2画出漂亮美观的系统发育树!!






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小果  生信果  2024-04-23 19:00:29

    相信小伙伴们都听知道系统发育树吧,是生物信息学中非常重要的图表哦,今天就让小果教大家如何使用clustalw2软件,只需三分钟就能帮助我们轻松画出漂亮美观的系统发育树!通过使用clustalw2软件,让你的生信数据展现出不一样的美感。接下来,我们将一起来学习clustalw2的安装和使用,一起来感受生物信息学的魅力,快跟着小果一起动手尝试吧。    
 
本次介绍的软件需要在服务器运行,同学们可以使用自己的服务器,如果没有自己的服务器,又需要制作系统发育树的话,可以联系我们联系我们进行服务器租赁~



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文件编号:240416

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系统发育树
系统发育树是生物学中常用的一种图形表示方法,用于描述不同生物种类之间的演化关系。主要功能包括展示物种间的演化关系、揭示进化模式和过程。通过树状结构,系统发育树帮助我们理解生物的进化历史和相互关系。
          
ClustalW2
ClustalW2是一种常用的多序列比对软件,用于比较多个生物学序列的相似性和差异。主要用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对,有助于研究这些序列之间的结构和功能关系。ClustalW2是一个功能强大、灵活且易于使用的多序列比对工具,是进行系统发育树构建的第一步。
          
安装ClustalW2
需要的系统:Linux系统,需要的软件支持:conda
创建conda环境
conda create --name ClustalW2 # 创建一个ClustalW2环境
遇到提示输入y即可              
conda install clustalw # 在conda环境中安装
遇到提示输入y即可
clustalw # 运行clustalw软件
显示以下窗口表示安装clustalw成功          
数据搜集
接下来我们准备需要的数据,本篇文章以人体血红蛋白氨基酸序列为例构建系统发育树,同学们可以选择其他数据,格式可以为NBRF/PIR, EMBL/SwissProt, Pearson (Fasta), GDE, Clustal, GCG/MSF,                  RSF七种,均可被clustalw自动识别。
数据下载:    
登陆NCBI官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
本文输入“Human Hemoglobin”
勾选合适的蛋白质序列,右上角选择FASTA文件格式进行保存,这里为了发育树内容丰富,勾选50条序列,同学们可以按需选择序列。
下载sequence.fasta文件:
使用FileZilla等软件,将sequence.fasta文件同步到服务器。
也可以使用vim文本编辑器,将序列信息同步到服务器。在sequence.fasta所在目录运行clustalw2    
clustalw2 # 运行clustalw2程序
输入1,回车
输入sequence.fasta
接着输入2,回车
输入1,回车。
随后一直按回车确定,直到序列比对程序开始,这个过程需要耐心等待,比对结束显示如下图。    
输入X,结束
在当前目录下得到序列比对文件sequence.dnd
          
树的构建
打开网址ITOL建树网址(https://itol.embl.de/
选择Upload。
将sequence.dnd文件从服务器同步到本地,随后上传到ITOL,并且给树去一个名称。
等待加载结束,即得到如图所示系统发生树:    
网页右侧可调整相应参数达到想要的效果。
         
以上就是ClustalW2安装和使用的简短的教程了,我们介绍了如何使用ClustalW2软件绘制漂亮美观的系统发育树。同学们可以多加练习,尝试动手构建出自己需要的美观精致的系统发育树,希望本教程能够为同学们提供一些启发,让同学们更深入地探索生物信息学的奥秘,并在进行生信时更加得心应手。    
          
同学们如果觉得写代码麻烦可以体验我们的云生信小工具,轻松生成所需图表,只需输入数据即可。可以点击链接访问云生信
http://www.biocloudservice.com/home.html),开启便捷的生信之旅!    

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