「付费」【代码-2】肿瘤预后生信文章必备内容-survival包进行单因素和多因素预后分析
收录于话题
生信人R语言学习必备
立刻拥有一个Rstudio账号
开启升级模式吧
(56线程,256G内存,个人存储1T)
利用survival包进行单因素和多因素预后分析,筛选预后显著相关的因子
小果知识分享大讲堂又来啦,今天小果给大家带来的分享为利用survival包进行单因素和多因素预后分析,筛选预后显著相关的因子,该分析在肿瘤预后相关生信文章中出现的频率非常高,非常值得小伙伴学习,因此小果强烈推荐小伙伴们学习,接下来跟着小果开启今天的学习之旅吧!
如何进行单因素和多因素预后分析?
在进行该分析之前,小伙伴们是不是存在疑问,如何进行单因素和多因素预后分析?其实很简单,只需要准备好带有临床因子和风险因子的输入文件,就可以利用survival包很快进行单因素和多因素预后分析,非常easy,马上和小果一起开始今天的实操吧!
准备需要的R包
#安装需要的R包
install.packages("survival")
install.packages("survminer")
#加载需要的R包
library(survival)
library(survminer)
结果文件
1. uniCox.txt
该结果文件为单因素预后分析结果文件,id表示临床因子和Riskscore,其他列为HR,HR.95L,HR.95H和pvalue,结果发现Age和RiskScore为预后显著相关的因子。
2. multiCox.txt
该结果文件为单因素预后分析结果文件,id表示临床因子和Riskscore,其他列为HR,HR.95L,HR.95H和pvalue.
3. uniForest.pdf
该结果图片为绘制的单因素预后分析结果森林图。
4. multiForest.pdf
该结果图片为绘制的多因素预后分析结果森林图
5.forest.pdf
该结果图片为绘制的多因素预后分析结果森林图,利用survminer包里的ggforest包绘制
3读取输入文件,行名为样本信息,列名为临床因子和风险因子得分(RiskScore)
rt=read.table("surv.txt",header=T,sep="t",check.names=F,row.names=1)
(扫码领取整理好的输入文件,代码文件及示例结果)