GWAS结果中SNP不会注释怎么办？Bedtools说好办！
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Bedtools:一个强大的基因组算法工具集，由犹他大学昆兰实验室开发的。总的来说，Bedtools工具是一个堪称瑞士军刀的工具，用于广泛的基因组学分析任务。最广泛使用的工具使基因组运算成为可能:即基因组的集合论。例如，bedtools允许人们从广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）的多个文件中交叉、合并、计数、补充和洗换基因组间隔。虽然每个单独的工具都被设计为执行相对简单的任务（例如，相交两个间隔文件），但是可以执行相当复杂的分析工作。
小图今天给大家介绍两种Bedtools安装方法
第一种
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gztar xzvf v2.25.0cd bedtools2-2.25.0/makecd bin/
添加环境即可
export PATH=$PWD:$PATH第二种
使用conda安装
#创建自己的环境source activate mypy#进入自己的环境conda install -c bioconda bedtools
两种方法根据自己实际情况选择
首先，先用示例数据了解一下如何取数据集之间的交集基因
交集 -intersect
gene1.ped内容为
gene2.ped内容为
数据第1列：染色体
数据第2列：起始位置
数据第3列：终止位置
命令：
bedtools intersect -a gene1.ped -gene2.ped结果如下：
可见四个重复区域
第一个重复区域是10-14
第二个重复区域是17-19
第三个重复区域是80-82
第四个重复区域是88-90
如果想输出计算A中有B的交集区间，同时返回A中的结果：
可加 -wa 参数
命令：
bedtools intersect -a gene1.ped -gene2.ped -wa结果如下：
如果想输出计算A中有B的交集区间，同时返回B中的结果：
可加 -wb 参数
命令：
bedtools intersect -a gene1.ped -gene2.ped -wb结果如下：
从结果可见，加上-wb参数后，除了输出A中的交集区域外，还会输出B中的整个区间。
如果加上-wa -wb参数
命令：
bedtools intersect -a gene1.ped -gene2.ped -wa -wb
-c参数，统计A中每个区域与B重叠的次数
命令：bedtools intersect -a gene1.ped -gene2.ped -c
由结果可看出，在A文件中染色体位置和有多少B文件染色体位置与其有重叠。
那么，GWAS分析如何进行snp如何做注释，GWAS分析中，我们用基因型数据（SNP）+表型数据，进行关联分析，得到显著性的SNP，这些SNP有染色体和物理位置，那么我们如何对SNP进行基因注释呢？我们如何得到显著SNP附近的基因。
交集 -intersect
gene.ped内容为
数据第1列：染色体
数据第2列：起始位置
数据第3列：终止位置
数据第4列：终止位置
snp.ped内容为
数据第1列：染色体
数据第2列：起始位置
数据第3列：终止位置
命令：
bedtools intersect -a snp.ped -b gene.ped -lojintersect，交集
-a，第一个位置信息表
-b，第二个位置信息表
-loj，以第一个为基准，返回结果
结果可以看到，第二个SNP区间，对应两个基因，写成了两行。第三个SNP区间没有对
应基因，用-1表示占位。共返回8行信息。
注意：每个SNP一行，如果有基因在其区间，放到右边，如果没有基因，返回空。如果一个SNP区间对应多个基因，写成多行。
如果不想要返回空值，只想返回有基因的SNP信息，命令如下：
bedtools intersect -a snp.ped -b gene.ped -wa -wb
结果可以看到，没有匹配到基因的SNP都被删除了。
好了，今天的GWAS结果如何注释SNP就到这里了，希望小图的分享对大家的科研工作有所帮助。有兴趣的朋友可以继续关注小图的微信公众号（生信图）和零代码云生信生物信息学平台（http://www.biocloudservice.com/home.html）。小伙伴赶紧动手操作起来，看看今天的学习成果，说不定会成为你文章中的亮点，我们下期见~
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