利用bwa将基因组比对到参考基因组，你学会了吗？
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BWA (Burrows-Wheeler Aligner)是一个用于DNA序列比对的快速、高效、可扩展的软件工具。
它采用了一种基于Burrows-Wheeler Transform (BWT)的算法，可以将长度为几GB的序列数据集与参考序列进行比对。BWA的比对速度和准确性都非常高，被广泛应用于基因组学、转录组学、表观遗传学等领域的研究中。
BWA的主要特点包括：
1. 高效快速：BWA采用了BWT算法和一些优化策略，可以在较短的时间内完成大规模的比对任务。
2. 准确性高：BWA采用了一些质量控制策略，如配对信息、序列长度等，可以提高比对的准确性。
3. 多功能：BWA支持不同类型的序列比对，包括单端比对、双端比对、重测序、局部比对等。
4. 可扩展性强：BWA可以处理多个比对任务，支持多线程和分布式计算，能够高效地处理大规模的数据集。
了解这么多之后我们开始吧!还记得小果之前带大家做过fastqc质控的数据吗，我们刚好继续往下做。
#安装软件conda create --name bwa -yconda activate bwaconda install -c bioconda bwa -y#构建参考基因组的索引，注意替换路径，其中tair_bwa为生成文件的前缀bwa index -p /media/desk16/iyun003/GBS_test/ERR_SRA/tair_bwa_index/tair_bwa /media/desk16/iyun003/download/ninanjie_data/GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna成功之后会产生如下5个文件：###将基因组比对到参考基因组上，可以使用下面这个脚本：#!/bin/bashREF=/media/desk16/iyun003/GBS_test/ERR_SRA/tair_bwa_index/tair_bwa #设定参考基因组文件路径for sample in `cat sample.txt`; do #遍历样本列表fq1=/media/desk16/iyun003/GBS_test/ERR_SRA/clean_reads/${sample}_1_clean.fastq.gz #设定样本前向read文件路径fq2=/media/desk16/iyun003/GBS_test/ERR_SRA/clean_reads/${sample}_2_clean.fastq.gz #设定样本反向read文件路径echo ${sample} $fq1 $fq2 | #打印样本名和文件路径信息bwa mem -t 6 -R "@RGtID:${sample}tLB:${sample}tPL:ILLUMINA3000tSM:${sample}" $REF $fq1 $fq2 #使用BWA进行比对，并设置读组信息-o /media/desk16/iyun003/GBS_test/ERR_SRA/tair_sam/${sample}.sam #将比对结果输出到SAM格式文件done #结束遍历#在后台运行脚本：nohup bash tair_sam.bash > sam.log &
看一下结果：
怎么样，你学会了吗！
好啦，今天的内容暂时就到这里了，我们下期继续！
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