2024-06-16

一区纯生信好复现！孟德尔随机化再次发力，不愁毕业不要点！愁毕业的千万不要错过这篇香港大学玛丽医院泌尿外科那荣团队的一区新作！

馆长生信果 2024-05-03 19:00:30

转自公众号：生信图书馆
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzNjQ2NzE3Mg==&mid=2247494208&idx=1&sn=91837ddc0caceeee98d56459e1f2b18f

哈喽大家好呀，今天我们继续聊聊生信猛将——孟德尔随机化。馆长之前分享了好多易复现的孟德尔随机化文章，各位小伙伴有开始自己动手复现吗？觉得难度如何呢？无论有没有成功复现都可以来找馆长交流交流哦！为了防止有新来的小伙伴还不了解孟德尔随机化，馆长再和大家简单介绍一下：孟德尔随机化（Mendelian randomization, MR）是一种数据分析技巧，使用遗传变异作为工具变量来估计感兴趣的暴露因素与所关注结局之间的因果关系。目前在生信领域是一个非常非常非常热门的研究方法，不论是高分的top期刊还是更易发表和复现的普通期刊，都能在上面找到它的身影，是生信人必掌握的技能之一！如果你也还在为自己的毕业小论文发愁，赶紧用这个方法+新的研究对象试试吧！（ps：如果你还不会孟德尔随机化，可得抓紧时间学习了哦，热点领域越往后越难发！当然，想快速发文的朋友也可以扫下方二维码来找馆长寻求帮助哦～）

今天馆长给大家分享的文章是来自香港大学玛丽医院泌尿外科那荣团队的新作，发表在中科院1区经典SCI期刊eLife上，这一期刊不仅是生物领域的top，它的文章接收率也是top哦！所以想要快速发文、着急毕业的伙伴一定要看看这个期刊的要求哦！让我们回归正题～这次的研究团队将孟德尔随机化应用于泛癌分析研究，现在就跟着馆长来一起解读这篇文章吧！

1.本研究旨在通过泛癌分析和MR方法，探讨不同类型癌症之间的关联以及第一原发癌症与第二原发癌症之间的因果效应。研究团队使用大规模的公开数据，运用逆方差加权MR和MR-Egger等方法来进行分析和验证。

2.研究人员从SEER数据库和UKB数据库中获取数据。从SEER获得了自2000年至2016年间诊断为第一原发性癌症的成年患者的癌症数据，涵盖22种实体肿瘤部位。从UKB获得了459,156名参与者的GWAS基因分型阵列数据和遗传信息。

3.研究结果表明，特定类型的第一原发性癌症可能导致另一种第二原发性癌症，如咽癌与非何杰金淋巴瘤、卵巢癌与软组织癌、肾癌与肺癌、骨髓瘤。这些关联为未来疾病管理和预防提供重要线索，但仍需进一步研究确认机制和限制。

4.本研究的创新之处在于采用泛癌分析和孟德尔随机化方法，从全局角度探讨了不同类型癌症之间的关联，并通过因果推断方法验证了第一原发癌症对第二原发癌症风险的影响。这一方法的运用为癌症研究领域带来了新的视角和方法，有助于推动相关领域的进展。

题目：第一原发性癌症诊断后第二原发性癌症的风险:一项泛癌症分析和孟德尔随机化研究

杂志：elife

影响因子：IF=7.7

发表时间：2023年11月

研究背景

第一原发性癌症（FPC）指的是患者最先被诊断出的癌症，即最初发生的原发性癌症。而第二原发性癌症（SPC）则是指在患者已经被诊断出并接受治疗的第一原发性癌症之后，患者出现的另一种独立的原发性癌症。第二原发性癌症与第一原发性癌症之间通常不是由于原发癌症的转移引起，而是独立发生在另一个组织或部位上的癌症。第二原发性癌症的发生可能与遗传因素、生活方式、环境因素、以及原发癌症的治疗等多种因素有关。本研究基于对不同原发癌症（FPC）与另一原发癌症（SPC）之间的因果关系进行探究，旨在揭示不同癌症之间的潜在关联和风险转移机制。

数据来源

本研究主要从SEER数据库和UKB数据库两个数据库中获取数据。研究人员从SEER获得了自2000年至2016年间诊断为FPC的成年患者的癌症数据，涵盖22种实体肿瘤部位。从UKB获得了459,156名参与者的GWAS基因分型阵列数据和遗传信息。

研究思路

本研究利用来自SEER库和UKB的数据，采用MR方法评估了不同原发癌症（FPC）与另一原发癌症（SPC）之间的因果关系。首先，研究团队基于GWAS目录中先前确定的与疾病风险相关的SNPs，选择符合一系列标准的SNPs。然后进行MR分析，发现了多个显著的关联，包括16个正因果关系和7个负因果关系。最终通过对比MR分析和SEER SIR分析的结果，确定了一些一致的结果，如口腔咽癌患者会显著增加非何杰金淋巴瘤的风险。这些发现为不同癌症之间的潜在关联提供了重要线索，有助于深入理解癌症之间的关系和风险转移机制。

研究流程图

主要结果

1.第一原发性癌症与第二原发性癌症之间的关联

研究人员利用SEER数据库，探讨了22种实体肿瘤和4种血液恶性肿瘤中第一原发性癌症（FPCs）与第二原发性癌症（SPCs）之间的关联。通过标准化发病率（SIR）和层次聚类分析，发现了多种癌症之间的显著关联，特别是第二原发性甲状腺癌、小肠癌和内分泌系统癌与其他癌症的相关性。亚组分析还表明，接受放射治疗的前列腺癌患者的其他类型原发性癌症的风险增加。

第一原发性癌症和第二原发性癌症发病率热图

2.MR分析揭示癌症关联性及风险增加情况

研究人员检测了23个显著相关性，其中16项为正因果关系，7项为负因果关系。一致性分析结果显示，诊断为原发性口腔癌和咽喉癌的患者发生第二原发性非霍奇金淋巴瘤的风险显著增加。此外，初步诊断为胰腺癌后，小肠发生第二原发性癌症的风险也显著增加。其他发现包括黑色素瘤患者对乳腺癌风险的轻微增加，以及卵巢癌对软组织相关癌症风险的影响。对肾癌的分析表明，原发性肾癌可能导致肺癌、支气管癌、非霍奇金淋巴瘤和骨髓瘤的风险增加。此外，某些原发癌症部位可能对另一种癌症具有保护作用。

3.癌症因果关系的进一步验证

研究人员采用了两种异常值检测方法和CAUSE因果分析，以验证因果关系。研究发现口腔癌和咽癌对非霍奇金淋巴瘤、卵巢癌对软组织癌以及肺癌、骨髓瘤伴肾癌之间存在着一致的因果关系。

一致性因果关系的敏感性和鲁棒性分析结果

文章小结

好der！跟着馆长梳理完了这篇文章现在就让我们再来总结复习一下吧！本研究通过孟德尔随机化分析，探讨了不同原发癌症之间的因果关系。研究团队利用GWAS中的疾病风险相关SNPs，对不同原发癌症（FPC）与另一原发癌症（SPC）之间的关联进行了评估，揭示了多种原发癌症之间的潜在因果关系，为了解癌症之间的风险转移提供了重要线索。怎么样小伙伴们，今天的文章是不是很简单呀？研究思路也与平常馆长和大家推荐的文章类似吧？再次说明优秀的文章思路都是有模版可复现的哦！什么？你还不知道在哪里可以找到这些优秀的文章思路总结模版？那就赶紧来找馆长吧！馆长早已为你准备好咯，各种模版正在静候你的到来～

小果还提供思路设计、定制生信分析、文献思路复现；有需要的小伙伴欢迎直接扫码咨询小果，竭诚为您的科研助力！